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<?php// declare(encoding='UTF-8');/*** Classe de nettoyage de la base de données du CEL.* Suppression des antislash* Remplacement des chaines vides par des NULL* Unifier les référentiels : pas de nom de version, majuscule...* Unifier les certitudes* Supprimer les INSEE-C: non rempli, les dates 0000-00** Utilisation :* - <code>/opt/lamp/bin/php cli.php nettoyage -a (voir méthode executer)</code>** @category CEL* @package Scripts* @subpackage Nettoyage* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>* @copyright 1999-2016 Tela Botanica <accueil@tela-botanica.org>*/class Nettoyage extends Script {protected $bdd;protected $colonnes;protected $bd_cel = "tb_nettoye_cel";protected $bd_del = "tb_del";public function __construct($script_nom, $parametres_cli) {parent::__construct($script_nom, $parametres_cli);$this->bdd = new Bdd();$this->bd_cel = Config::get('nettoyage.cel_nettoye');$this->bd_del = Config::get('nettoyage.del');}public function executer() {$cmd = $this->getParametre('a');$requete_colonnes = "SELECT column_name FROM information_schema.columns WHERE table_name = 'cel_obs' AND table_schema='".$this->bd_cel."';";$this->colonnes = $this->bdd->recupererTous($requete_colonnes);try {switch ($cmd) {case 'tout' :$this->supprimerRetourLigne();$this->supprimerAntislash();$this->supprimerGuillemet();$this->unifierNull();$this->unifierNomReferentiel();$this->unifierCertitude();$this->supprimerCertitudeAutre();$this->unifierUtilisateur();$this->unifierPhenologie();$this->verifierCodeInsee();$this->verifierGeodatum();$this->supprimerInfosLiesObsInexistante();$this->supprimerImagesetTagAnonymes();$this->analyserMotsCles();$this->changerSensible();$this->unifierNull();break;case 'supprimerRetourLigne' :$this->supprimerRetourLigne();break;case 'supprimerAntislash' :$this->supprimerAntislash();break;case 'supprimerGuillemet' :$this->supprimerGuillemet();break;case 'unifierNomReferentiel' :$this->unifierNomReferentiel();break;case 'unifierCertitude' :$this->unifierCertitude();break;case 'supprimerCertitudeAutre' : // après unifier certitude si les autres valeurs sont bien à supprimer$this->supprimerCertitudeAutre();break;case 'analyserMotsCles' : // après unifier certitude si les autres valeurs sont bien à supprimer$this->analyserMotsCles();break;case 'verifierGeodatum' :$this->verifierGeodatum();break;case 'verifierCodeInsee' :$this->verifierCodeInsee();break;case 'sensible' :$this->changerSensible();break;case 'unifierNull' : // lancer en dernier pour bien réussir$this->unifierNull();break;case 'supprimerImagesetTagAnonymes' :$this->supprimerImagesetTagAnonymes();break;case 'supprimerInfosLiesObsInexistante' :$this->supprimerInfosLiesObsInexistante();break;case 'unifierUtilisateur' :$this->unifierUtilisateur();break;case 'unifierInfosEspece' :$this->unifierUtilisateur();break;case 'unifierPhenologie' :$this->unifierPhenologie();break;default :$msg = "Erreur : la commande '$cmd' n'existe pas!\n"."Commandes existantes : regenererMotsClesTexteObs, regenererMotsClesTexteImages". ", regenererMotsClesTexteObsTout, regenererMotsClesTexteImagesTout". ", viderMotsClesTexteImagesSansMotsCles, viderMotsClesTexteObsSansMotsCles". ", regenererChampsTailleImage, reparerLiaisonsOublieesObs, reparerLiaisonsOublieesImages". ", reparerLiaisonsObsParMotsClesTexte, reductionMotsClesImages, reductionMotsClesImagesUtil". ", reduireEtNormaliserMotsClesImagesUtil, reduireEtNormaliserMotsClesImages". ", reductionMotsClesObs, reductionMotsClesObsUtil, reduireEtNormaliserMotsClesObsUtil". ", reduireEtNormaliserMotsClesObs";throw new Exception($msg);}} catch (Exception $e) {$this->traiterErreur($e->getMessage());}}private function supprimerRetourLigne() {foreach ($this->colonnes as $id=>$colonne) {echo "Suppression des retour ligne dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = REPLACE(".$colonne['column_name'].', "\n", "")';$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}}private function supprimerAntislash() {foreach ($this->colonnes as $id=>$colonne) {echo "Suppression des antislash dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = REPLACE(".$colonne['column_name'].', "\\\", "")';$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}}private function supprimerGuillemet() {foreach ($this->colonnes as $id=>$colonne) {echo "Suppression des guillements dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = REPLACE(".$colonne['column_name'].',"\"", "")';$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}}private function unifierNull() {foreach ($this->colonnes as $id=>$colonne) {echo "Suppression des vides dans la colonne ".$colonne['column_name']." ...";$dsl = array( 'transmission', 'altitude');if (isset($dsl[$colonne['column_name']])) {$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = NULL WHERE trim(".$colonne['column_name'].") = ''";} else {$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET ".$colonne['column_name']." = NULL WHERE trim(".$colonne['column_name'].") = '' OR ".$colonne['column_name']." IN ('INSEE-C:', '0000-00-00 00:00:00', '0.00000')";}$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}}private function unifierCertitude() {echo "Uniformisation du champ certitude/identification";$certitude = array("A déterminer" => "à déterminer","À déterminer, voir photo" => "à déterminer","A déterminer" => "à déterminer","aDeterminer" => "à déterminer","déterminer" => "à déterminer","Inconnue" => "à déterminer","Ceraine" => "certain","certain" => "certain","Certainaaua" => "certain","Certaine" => "certain","Certaine K- rhizines blanche" => "certain","Certaine ( mais voir notes)" => "certain","Certaine (à 99%)" => "certain","Certaine Anett" => "certain","Certaine Anette" => "certain","Certaine Valériane officinale" => "certain","Certaine, Faite et confirmée par JM BERAUD" => "certain","Certaine, par Jean Lebail" => "certain","Certaine, subsp. minus" => "certain","Certainea" => "certain","Certaineanno" => "certain","Certainearia n" => "certain","Certainee" => "certain","Certainej" => "certain","Certainel" => "certain","CertaineNom de travai" => "certain","CertaineNom de travail" => "certain","Certainesites" => "certain","Certainesous-bois de feuillus en versant sud à sud-ouest" => "certain","Certaineu" => "certain","sure" => "certain","validée sur forum Naturalistes de l'ouest" => "certain","à confirmer" => "douteux","à approfondir" => "douteux","à cofirmer" => "douteux","À confiermer" => "douteux","A confirlmer" => "douteux","A confirmer" => "douteux","à confirmer vs. pumilum" => "douteux","à conirmer" => "douteux","à vérifier" => "douteux","douteuse" => "douteux","Douteuse (canadensis ?)" => "douteux","Douteuse ?" => "douteux","Douteuse à confirmer" => "douteux","Douteuse peut-être cordata" => "douteux","Douteuse, fleurs rouges" => "douteux","douteux" => "douteux","espèce bisannuelle mais non bien déterminée" => "douteux","Incertaine" => "douteux","Pavot douteux" => "douteux","Potentille ansérine, supposé" => "douteux","presque certaine" => "douteux","Quasi Certaine" => "douteux","ssp déterminer" => "douteux","subsp à vérifier" => "douteux","subsp. microphyllum ?" => "douteux","très douteuse" => "douteux","Très probable" => "douteux");foreach ($certitude as $valeur=>$saisie) {$requete = 'UPDATE '.$this->bd_cel.'.cel_obs SET commentaire = concat(commentaire, " Certitude : ", certitude), certitude = "'.$saisie.'" WHERE certitude ="'.$valeur.'"';$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}$requete_verif = "SELECT certitude FROM ".$this->bd_cel.".cel_obs WHERE certitude NOT IN ('douteux', 'certain', 'à déterminer', '') and certitude is not NULL";$verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);if ($verif != array()) print_r($verif);}private function supprimerCertitudeAutre() {echo "suppression des valeurs non compréhensible du champ certitude/identification";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obsSET commentaire = case isnull(commentaire) when 1 THEN certitude ELSE concat(commentaire, ' Certitude : ', certitude) END,certitude = '' WHERE `certitude` NOT IN ('douteux', 'certain', 'à déterminer', '') and certitude is not NULL";$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";$requete_verif = "SELECT certitude FROM ".$this->bd_cel.".cel_obs WHERE certitude NOT IN ('douteux', 'certain', 'à déterminer', '') and certitude is not NULL";$verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);if ($verif != array()) print_r($verif);}private function unifierPhenologie() {echo "Uniformisation du champ phenologie";$phenologie = array("2" => "00-09: germination, développement des bourgeons","5" => "00-09: germination, développement des bourgeons","5" => "00-09: germination, développement des bourgeons","8" => "00-09: germination, développement des bourgeons","8" => "00-09: germination, développement des bourgeons","9" => "00-09: germination, développement des bourgeons","00-09" => "00-09: germination, développement des bourgeons","Germination, développement des bourgeons" => "00-09: germination, développement des bourgeons","10" => "10-19: développement des feuilles","11" => "10-19: développement des feuilles","12" => "10-19: développement des feuilles","14" => "10-19: développement des feuilles","15" => "10-19: développement des feuilles","16" => "10-19: développement des feuilles","17" => "10-19: développement des feuilles","18" => 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et maturation des graines" => "80-89: maturité des fruits et des graines","fructification passée" => "80-89: maturité des fruits et des graines","Fruit" => "80-89: maturité des fruits et des graines","Fruits" => "80-89: maturité des fruits et des graines","85" => "85: 50% des fruits matures","50% des fruits matures (fructification d'Août)î" => "85: 50% des fruits matures","85, mais avec encore des fleurs" => "85: 50% des fruits matures","85:" => "85: 50% des fruits matures","85: fruits matures 20" => "85: 50% des fruits matures","85: 50% des fruits mature8" => "85: 50% des fruits matures","85: 50% des fruits matures" => "85: 50% des fruits matures","85: 50% des fruits matures0" => "85: 50% des fruits matures","85: 50% des fruits matures56" => "85: 50% des fruits matures","85: 50% des fruits matures88" => "85: 50% des fruits matures","88: 50% des fruits matures" => "85: 50% des fruits matures","90" => "90-99: sénescence et dormance","91" => "90-99: sénescence et dormance","92" => "90-99: sénescence et dormance","94" => "90-99: sénescence et dormance","95" => "90-99: sénescence et dormance","97" => "90-99: sénescence et dormance","98" => "90-99: sénescence et dormance","99" => "90-99: sénescence et dormance","100% de feuilles jaunes" => "90-99: sénescence et dormance","80% feuillage d'automne" => "90-99: sénescence et dormance","90-99" => "90-99: sénescence et dormance","90-99: sénescence et dormance" => "90-99: sénescence et dormance","95: environ 9% des feuilles jaunes" => "90-99: sénescence et dormance");foreach ($phenologie as $valeur=>$saisie) {$requete = 'UPDATE '.$this->bd_cel.'.cel_obs SET commentaire = concat(commentaire, " Certitude : ", certitude), phenologie = "'.$saisie.'" 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ADD courriel varchar(255);";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".".$table." SET courriel = ce_utilisateur,ce_utilisateur = NULL WHERE ce_utilisateur like '%@%';";$this->bdd->requeter($requete);echo "recherche des identifiants pour les tags ayant que des courriels dans users";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".".$table." join ".$this->bd_cel.".`users` ON `user_email` = courriel SET `ce_utilisateur` = `ID`WHERE courriel like '%@%';";$this->bdd->requeter($requete);echo "recherche des identifiants pour les tags ayant que des courriels dans obs";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".".$table." t join ".$this->bd_cel.".`cel_obs` o ON`courriel` = courriel_utilisateur SET t.`ce_utilisateur` = o.`ce_utilisateur`WHERE courriel_utilisateur like '%@%';";$this->bdd->requeter($requete);echo "suppression des tags sans identifiant";$requete_anonyme = "DELETE FROM ".$this->bd_cel.".".$table." 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WHERE nom_referentiel like '".$referentiel."%'";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET nom_referentiel = 'autre' WHERE nom_sel_nn IS NULL or nom_sel_nn = '0'";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET nom_referentiel = 'apd' WHERE nom_referentiel like 'bdtao%'";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET nom_referentiel = 'bdtfx' WHERE nom_referentiel like 'bdnff%'";$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET nom_referentiel = 'autre' WHERE nom_referentiel IS NULL or nom_referentiel = ''";$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}$requete_verif = "SELECT nom_referentiel FROM ".$this->bd_cel.".cel_obs WHERE nom_referentiel NOT IN ('".implode("', '", $referentiels)."', 'autre')";$verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);if ($verif != array()) print_r($verif);}private function supprimerInfosLiesObsInexistante() {echo "Supprimer infos liés à obs inexistante";$requete = "DELETE FROM ".$this->bd_cel.".`cel_obs_etendues` WHERE `id_observation` not in (select `id_observation` from ".$this->bd_cel.".cel_obs);";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "DELETE FROM ".$this->bd_cel.".`cel_mots_cles_obs_liaison` WHERE `id_element_lie` not in (select `id_observation` from ".$this->bd_cel.".cel_obs);";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "DELETE FROM ".$this->bd_cel.".`cel_mots_cles_obs_liaison` WHERE `id_mot_cle` not in (SELECT `id_mot_cle` FROM ".$this->bd_cel.".`cel_arbre_mots_cles_obs`);";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "DELETE FROM ".$this->bd_cel.".`cel_images` WHERE `ce_observation` is not null and `ce_observation` not in (select id_observation from ".$this->bd_cel.".cel_obs)";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "DELETE FROM ".$this->bd_cel.".`cel_mots_cles_images_liaison` WHERE `id_element_lie` not in (select `id_image` from ".$this->bd_cel.".cel_images);";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "DELETE FROM ".$this->bd_cel.".`cel_mots_cles_images_liaison` WHERE `id_mot_cle` not in (SELECT `id_mot_cle` FROM ".$this->bd_cel.".`cel_arbre_mots_cles_images`);";$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}private function verifierGeodatum() {echo "Uniformisation du geodatum";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET geodatum = 'WGS84' WHERE (latitude IS NOT NULL or latitude != '0.00000') AND geodatum IS NULL";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET geodatum = NULL WHERE (latitude IS NULL or latitude = '0.00000')";$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";echo "Suppression des coordonnées fausses : ";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET latitude = NULL, longitude = NULL WHERE latitude < -90 OR latitude > 90 OR longitude < -180 OR longitude > 180";$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";}private function verifierCodeInsee() {echo "Mise à jour des valeurs code_insee";$requete = 'UPDATE `cel_obs` SET `ce_zone_geo` = NULL,commentaire = concat(if(commentaire is null, "", concat(commentaire, ", ")), if(ce_zone_geo is null, "", concat("Zone geo : ",ce_zone_geo))) where `ce_zone_geo` not like "insee-c%"';$this->bdd->requeter($requete);$requete = 'UPDATE `cel_obs` SET `ce_zone_geo` = substr(`ce_zone_geo`, 9, 5) where `ce_zone_geo` like "insee-c:%"';$this->bdd->requeter($requete);$requete = 'UPDATE `cel_obs` SET `ce_zone_geo` = NULL where trim(`ce_zone_geo`) = ""';$this->bdd->requeter($requete);echo "effectuée \n";echo "Vérification du code insee";$requete = "ALTER TABLE ".$this->bd_cel.".`cel_obs` ADD IF NOT EXISTS `locality_consistency` INT(1) ;";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET locality_consistency = '0' WHERE((ce_zone_geo != 'INSEE-C:' and ce_zone_geo like 'INSEE-C:%') and code_insee_calcule != '') andreplace(`ce_zone_geo`, 'INSEE-C:', '') != `code_insee_calcule`";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET locality_consistency = '1' WHERE((ce_zone_geo != 'INSEE-C:' and ce_zone_geo like 'INSEE-C:%') and code_insee_calcule != '') andreplace(`ce_zone_geo`, 'INSEE-C:', '') = `code_insee_calcule`";$this->bdd->requeter($requete);$requete_verif = "SELECT `ce_zone_geo`, `code_insee_calcule`, `locality_consistency` FROM `cel_obs` WHERE `locality_consistency` IS NOT NULL";$verif = $this->bdd->recupererTous($requete_verif);if ($verif != array()) print_r($verif);echo "effectuée \n";}private function analyserMotsCles(){echo "Input source \n";$requete = "ALTER TABLE ".$this->bd_cel.".`cel_obs` ADD IF NOT EXISTS `input_source` VARCHAR(15)";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET input_source = 'plantnet' WHERE `mots_cles_texte` like '%plantnet%'";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET input_source = 'autre' WHERE `mots_cles_texte` like '%MobileSauvages%'";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET input_source = 'widget' WHERE `mots_cles_texte` like '%Projets coopératifs%' and (input_source = '' OR input_source IS NULL)";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET input_source = 'widget' WHERE `mots_cles_texte` like '%widget%' and (input_source = '' OR input_source IS NULL)";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET input_source = 'cel' WHERE input_source = '' OR input_source IS NULL";$this->bdd->requeter($requete);echo "Suppression motcle du chemin \n";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".`cel_arbre_mots_cles_obs` SET chemin = substr(`chemin`, 1, CHAR_LENGTH(chemin)-CHAR_LENGTH(`mot_cle`)-1)";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".`cel_arbre_mots_cles_images` SET chemin = substr(`chemin`, 1, 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d.`nom_sel_nn`";$this->bdd->requeter($requete);echo "Certitude à aDeterminer quand obs non validée sur ip \n";$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".`cel_obs` c SET `certitude` = 'à déterminer'WHERE c.`mots_cles_texte` LIKE '%adeterminer%' AND(c.`certitude` = '' or c.certitude IS NULL)";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".`cel_obs` SET`mots_cles_texte` = REPLACE(`mots_cles_texte`, 'aDeterminer,', '')WHERE `mots_cles_texte` LIKE '%adeterminer,%'";$this->bdd->requeter($requete);}private function changerSensible(){echo "Sensible \n";$requete = "ALTER TABLE ".$this->bd_cel.".`cel_obs` ADD IF NOT EXISTS `published_location` varchar(50)";$this->bdd->requeter($requete);$requete = "UPDATE ".$this->bd_cel.".cel_obs SET published_location = 'localité' WHERE `mots_cles_texte` like '%sensible%'";$this->bdd->requeter($requete);}}