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<?php
/**
* Classe qui va effectuer toutes les operations liees aux referentiels ou rechercher
* des informations sur les taxons dans les tables des referentiels dans la base de donnees
*
* Operations a utiliser :
* - recupererListeReferentielsDisponibles (statique) : recherche dans les fichiers de configuration
* la liste des referentiels disponibles et les renvoie dans un tableau
*
* - chargerTaxon : recherche dans la table possedant le meme nom que le nom du referentiel en attribut
* les informations generales sur un taxon (numero nomenclatural retenu, numero taxonomique,
* nom scientifique, rang) a partir de son numero taxonomique
* On stockera dans un attribut un tableau associatif contenant ces informations + le nom du referentiel,
* ou la valeur nulle si aucun taxon n'a ete trouve
*
* - recupererSousTaxons : a partir du numero nomenclatural d'un taxon, la fonction va recuperer
* tous les taxons de rang inferieur de maniere recursive jusqu'en ne plus en trouver de nouveaux
* la recherche s'effectuera seulement au niveau des rangs famille, genre, espece et sous-espece
* pour limiter le nombre d'informations qui sera a la fin renvoye
*
* - obtenirNumeroNomenclatural : recherche le numero nomenclatural d'un taxon a partir de son nom scientifique
*
* @package framework-0.3
* @author Alexandre GALIBERT <alexandre.galibert@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @version $Id$
* @copyright 2013 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)
*
*/
class Referentiel {
private $nomComplet;
private $nomCourt;
private $taxon;
private $bdd = null;
private $nomsChampsBdtfx = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_taxonomique', 'ns' => 'nom_sci');
private $nomsChampsBdtxa = array('nn' => 'num_nom_retenu', 'nt' => 'num_tax', 'ns' => 'nom_sci');
private $champs;
public function __construct($nomReferentiel, $taxon = null) {
$this->nomComplet = $nomReferentiel;
$this->nomCourt = current(explode('_', $nomReferentiel));
$proprieteChamps = 'nomsChamps' . ucfirst($this->nomCourt);
foreach ($this->$proprieteChamps as $nomCourt => $nomChamp) {
$this->champs[$nomCourt] = $nomChamp;
}
$this->taxon = $taxon;
}
public function renvoyerNomCompletReferentiel() {
return $this->nomComplet;
}
public function renvoyerTaxon() {
return $this->taxon;
}
public function chargerTaxon($typeNumero, $numTaxon) {
$taxon = null;
// verifier que le numero de taxon soit bien une chaine de caracteres composee uniquement
// que de nombres entiers avant de construire la requete SQL a executer
if (preg_match('/^\d+$/', $numTaxon) == 1) {
$champWhere = $typeNumero == 'nt' ? $this->champs['nt']: 'num_nom';
$requete =
"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".
$champWhere."={$numTaxon} AND num_nom=".$this->champs['nn']." ".
"ORDER BY rang, If(num_nom=".$this->champs['nn'].", 0, 1) LIMIT 0, 1";
$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($taxon == false) {
$taxon = null;
} else {
$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;
}
}
$this->taxon = $taxon;
}
private function getBdd() {
if (is_null($this->bdd)) {
$this->bdd = new Bdd();
}
$nomBdd = Config::get('bdd_eflore');
if (is_null($nomBdd)) {
$nomBdd = Config::get('bdd_nom');
}
$this->bdd->requeter("USE ".$nomBdd);
return $this->bdd;
}
public function recupererTaxonsSousEspeces($listeNn = null) {
$sousTaxons = array();
if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] == Config::get('rang.espece')) {
if (is_null($listeNn)) {
$listeNn = $this->taxon['nn'];
}
$requete =
"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".
"num_tax_sup IN ({$listeNn}) AND num_nom=".$this->champs['nn'];
$resultats = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
$nouvelleListeNn = '';
foreach ($resultats as $sousTaxon) {
$sousTaxons[] = $sousTaxon;
$nouvelleListeNn .= (strlen($nouvelleListeNn) == 0 ? '' : ',') . $sousTaxon['nn'];
}
// recherche de sous taxons au niveau inferieur (parcours recursif de la methode)
if (count($resultats) > 0) {
$sousTaxons = array_merge($sousTaxons, $this->recupererTaxonsSousEspeces($nouvelleListeNn));
}
}
return $sousTaxons;
}
public function recupererTaxonsFamilles() {
$sousTaxons = array();
if (!is_null($this->taxon) && $this->taxon['rang'] == Config::get('rang.genre')) {
$requete =
"SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn, ".$this->champs['nt']." AS nt, ".
$this->champs['ns']." AS nom, rang FROM ".$this->nomComplet." WHERE ".
"num_tax_sup=".$this->taxon['nn']." AND num_nom=".$this->champs['nn'];
$sousTaxons = $this->getBdd()->recupererTous($requete);
}
return $sousTaxons;
}
public static function recupererListeReferentielsDisponibles() {
$tableau = array();
$tableauPartiel = explode(',', Config::get('referentiels_dispo'));
$tableauPartiel = array_map('trim', $tableauPartiel);
foreach ($tableauPartiel as $champ) {
if (strpos($champ, '=') === false) {
$tableau[] = $champ;
} else {
list($cle, $val) = explode('=', $champ);
$clePropre = trim($cle);
$valeurPropre = trim($val);
$tableau[$clePropre] = $valeurPropre;
}
}
return $tableau;
}
public function obtenirNumeroNomenclatural($nomScientifique) {
$aProteger = $this->getBdd()->proteger(trim($nomScientifique) . '%');
$requete = "SELECT ".$this->champs['nn']." AS nn FROM ".$this->nomComplet." ".
"WHERE ".$this->champs['ns']." LIKE ".$aProteger;
$taxon = $this->getBdd()->recuperer($requete);
if ($taxon == false) {
$taxon = null;
} else {
$taxon['referentiel'] = $this->nomComplet;
}
return $taxon;
}
}
?>