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<?php// declare(encoding='UTF-8');/*** Description :* Classe CommunNomsTaxons.php* Encodage en entrée : utf8* Encodage en sortie : utf8* @package framework-v3* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>* @version 1.0* @copyright 1999-2011 Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)*/abstract class CommunNomsTaxons extends Commun {/** Tableau de correspondance entre les noms des champs et les codes de l'ontologie.*/private $relationsChampsCodesOntologie = null;protected $table_retour; //Permet de stocker le tableau de résultat (non encodé en json)protected $resultat_req; // Permet de stocker le résultat de la requete principale.protected $compo_nom = null; //Stocke sous forme de tableau les composant du nom à ajouter au nom scientifiqueprotected $table;// Nom de la table dans laquelle on récupèrera les données dans les requetes SQLprotected $total_resultat = null;/** Stocke le service appelé correspondant. Est utilisé principalement lors de l'affichage du href d'un synonyme(ex id=12, basionyme num 25 est un synonyme) dans le service taxon */protected $service_href = null;protected $erreursParametres = null;protected $sans_nom_sci = array('gen','sp','ssp','fam','au_ss','bib_ss');private $bib_traitees = array();private $ontologie = array();//+------------------------------- PARAMÈTRES ---------------------------------------------------------------+public function traiterParametres() {$this->definirParametresParDefaut();$this->verifierParametres();if (isset($this->parametres) && count($this->parametres) > 0) {foreach ($this->parametres as $param => $val) {switch ($param) {case 'ns.structure' :$this->remplirTableCompositionNom($val);if (in_array($val,$this->sans_nom_sci)){$this->requete_champ = implode(', ',$this->compo_nom);}else {$this->requete_champ .= ' ,'.implode(', ',$this->compo_nom);}break;case 'navigation.depart' :$this->limite_requete['depart'] = $val;break;case 'navigation.limite' :$this->limite_requete['limite'] = $val;break;}}$this->traiterParametresSpecifiques();}}protected function definirParametresParDefaut() {if (empty($this->parametres['recherche'])) {$this->parametres['recherche'] = 'stricte';}if (empty($this->parametres['ns.format'])) {$this->parametres['ns.format'] = 'txt';}if (empty($this->parametres['retour.format'])) {$this->parametres['retour.format'] = 'max';}if (empty($this->parametres['ns.structure']) &&$this->parametres['retour.format'] != 'oss') {$this->parametres['ns.structure'] = 'au,an,bib';}}public function verifierParametres() {//$this->verifierParametresAPI();$this->verifierParametre('recherche', 'stricte|floue|etendue|complete');$this->verifierParametre('ns.format', 'htm|txt');$this->verifierParametre('retour.format', 'min|max|oss|perso');$this->verifierParametreAvecValeurMultipe('ns.structure', 'an|au|bib|ad|gen|sp|ssp|fam|au_ss|bib_ss');/*if (count($this->erreursParametres) > 0) {$m = 'Erreur dans votre requête : '.implode('<br/>', $this->erreursParametres);$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);}*/}public function verifierParametresAPI() {$parametresApi = $this->recupererTableauConfig('parametresAPI');while (!is_null($parametre = key($this->parametres))) {if (!in_array($parametre, $parametresApi)) {$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' n'est pas pris en compte par cette version de l'API.";}next($this->parametres);}}public function verifierParametre($parametre, $valeursPermises) {if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {$valeur = $this->parametres[$parametre];$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);}}public function verifierParametreAvecValeurMultipe($parametre, $valeursPermises) {if (isset($this->parametres[$parametre]) && !empty($this->parametres[$parametre])) {$valeursConcatenees = $this->parametres[$parametre];$valeurs = explode(',', $valeursConcatenees);foreach ($valeurs as $valeur) {$this->verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises);}}}private function verifierValeursPermises($parametre, $valeur, $valeursPermises) {if (!in_array($valeur, explode('|', $valeursPermises))) {$this->erreursParametres[] = "Le paramètre '$parametre' ne peut pas prendre la valeur '$valeur'. Valeurs permises : $valeursPermises";}}public function traiterParametresCommuns() {}public function ajouterFiltreMasque($nom_champ, $valeur) {$valeur = explode(',',$valeur);$conditions = array();if ($nom_champ == 'annee' || $nom_champ == 'rang') {foreach ($valeur as $val) {$conditions[] = "$nom_champ = ".$this->getBdd()->proteger($val);}} else {if ($this->parametres['recherche'] == 'etendue') {foreach ($valeur as $val) {$val = $this->modifierValeur($val);$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);}} elseif ($this->parametres['recherche'] == 'floue') {foreach ($valeur as $val) {$val = $this->getBdd()->proteger($val);$conditions[] = "( SOUNDEX($nom_champ) = SOUNDEX($val))"." OR ( SOUNDEX(REVERSE($nom_champ)) = SOUNDEX(REVERSE($val)))";}} else {foreach ($valeur as $val) {$conditions[] = "$nom_champ LIKE ".$this->getBdd()->proteger($val);}}}$this->requete_condition[]= '('.implode(' OR ', $conditions ).')';$this->masque[$nom_champ] = $nom_champ.'='.implode(',',$valeur);}private function modifierValeur($valeur) {$valeur = $this->remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur);$valeur = $this->preparerChainePourRechercheEtendue($valeur);return $valeur;}private function remplacerCaractereHybrideEtChimere($valeur) {$caracteres = array('×', '%D7', '+', '%2B');$remplacements = array('x ','x ', '+', '+');$valeur = str_replace($caracteres, $remplacements, $valeur);return $valeur;}private function preparerChainePourRechercheEtendue($valeur) {$valeur = str_replace(' ', '% ', trim($valeur));$valeur = $valeur.'%';return $valeur;}//+-------------------------------Fonctions d'analyse des ressources-------------------------------------+private function etreRessourceId() {$ok = false;if ($this->estUnIdentifiant() && count($this->ressources) == 1) {$ok = true;}return $ok;}public function traiterRessources() {if (isset($this->ressources) && count($this->ressources) > 0) {if ($this->ressources[0] == 'relations') {$this->traiterRessourceRelations();} elseif ($this->estUnIdentifiant()) { //l'identifiant peut etre de type /#id ou /nt:#id$this->traiterRessourcesIdentifiant(); // dans le service noms ou taxons} elseif ($this->ressources[0] == 'stats') { //ressource = noms/stats$this->traiterRessourcesStats();} else {$e = 'Erreur dans votre requete </br> Ressources disponibles : <br/><li> /'.$this->service.'/#id (id : L\'identifiant du nom rechercher)</li><li> /'.$this->service.'/nt:#id (id : Numero du taxon recherche)</li><li> /'.$this->service.'/stats </li>';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}}}public function traiterRessourcesStats() {$this->format_reponse = $this->service.'/stats';$e = "Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : $this->service/stats/[annees|rangs|initiales]";if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {switch ($this->ressources[1]) {case 'annees' :$this->traiterRessourceStatsAnnees();break;case 'rangs' :$this->traiterRessourceStatsRangs();break;case 'initiales' :$this->traiterRessourceStatsInitiales();break;default :$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);break;}} else {$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}}/** Vérifie si la première valeur de la table de ressource est un identifiant :* un numerique ou un numéro taxonomique sous la forme nt:xx */public function estUnIdentifiant() {return (is_numeric($this->ressources[0]) || (strrpos($this->ressources[0],'nt:') !== false&& is_numeric(str_replace('nt:','',$this->ressources[0]))));}//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Fonction d'analyse des parametres/** Permet de remplir le tableau compo_nom. Il comprendra en fct du paramètre ns.structure les éléments à rajouter* au nom_sci (annee, auteur, biblio ou addendum). */public function remplirTableCompositionNom($valeur) {$structure_nom = explode(',', $valeur);foreach ($structure_nom as $structure) {$structure = trim($structure);$patterns = array('/^an$/', '/^au$/', '/^bib$/', '/^ad$/', '/^sp$/', '/^gen$/', '/^ssp$/','/^fam$/','/^au_ss$/','/^bib_ss$/');$champs = array('annee', 'auteur', 'biblio_origine', 'nom_addendum', 'epithete_sp', 'genre','epithete_infra_sp','famille','auteur', 'biblio_origine');// avec str_replace() 'sp' est inclu dans 'ssp', et la conversion pour 'ssp' est mauvaise$this->compo_nom[$structure] = preg_replace($patterns, $champs, $structure);}}public function mettreAuFormat() {if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {if (strrpos($this->requete_champ, 'nom_sci_html as nom_sci') === false) {$this->requete_champ = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $this->requete_champ);}}}//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Fonctions de formatage/** Fonction permettant de creer la table dont le nom est passé en paramètre (champs_api, champs_bdtfx,* correspondance_champs...). Les données de chaque table sont présentes dans le fichier de configuration config.ini* @param String $table : Peut contenir plusieurs nom de table dont on souhaite récupérer les données : table,table,table. */public function recupererTableSignification($table) {$tables = explode(',', $table);foreach ($tables as $tab) {if ($tab == 'champs_comp') {$champ_bdnff_api = array_keys($this->champs_api); //on recupère le nom des champ ds la bdd$this->champs_comp = array_diff($this->champs_table, $champ_bdnff_api);} elseif ($tab == 'champs_api') {foreach ($this->correspondance_champs as $key => $val) {preg_match('/(hybride[.]parent_0[12](?:[.]notes)?|nom_sci[.][^.]+|[^.]+)(?:[.](id|code))?/', $val, $match);$val = $match[1];$this->champs_api[$key] = $val;}} else {$this->$tab = $this->recupererTableauConfig($tab);}}}public function formaterEnOss($resultat) {$table_nom = array();$oss = '';foreach ($resultat as $tab) {if (isset($tab['nom_sci']) ) {if (!in_array($tab['nom_sci'], $table_nom)) {$table_nom[] = $tab['nom_sci'];$oss[] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);}}else {$res = $this->ajouterCompositionNom($tab);if($res) {$oss[] = $res;}}}if (isset($this->masque)) $masque = implode('&', $this->masque);else $masque = 'Pas de masque';$table_retour_oss = array($masque, $oss);return $table_retour_oss;}public function afficherEnteteResultat($url_service) {$this->table_retour['depart'] = $this->limite_requete['depart'];$this->table_retour['limite'] = $this->limite_requete['limite'];$this->table_retour['total'] = $this->total_resultat;$url = $this->formulerUrl($this->total_resultat, $url_service);if (isset($url['precedent']) && $url['precedent'] != '') {$this->table_retour['href.precedent'] = $url['precedent'];}if (isset($url['suivant']) && $url['suivant'] != '') {$this->table_retour['href.suivant'] = $url['suivant'];}}public function afficherNomHrefRetenu($tab, $num) {$this->resultat_req = $tab;$this->afficherDonnees('num_nom', $num);if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') { // sinon est affiché ds afficherDonnees(num_nom, $val) ci-dessus$this->table_retour['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $tab['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($tab);}if ($tab['num_nom_retenu'] != '') {$retenu = ($tab['num_nom_retenu'] == $num) ? 'true' : 'false';} else {$retenu = 'absent';}$this->table_retour['retenu'] = $retenu;// Pourquoi ce unset ? JPM - 28-03-2013unset($this->table_retour['id']);}//+------------------------------------------------------------------------------------------------------+// Fonction de formatage pour les services /#id/public function formaterId($resultat) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$this->resultat_req = $resultat;foreach ($resultat as $cle => $valeur) {if ($valeur != '') {$this->afficherDonnees($cle, $valeur);}}if (isset($this->parametres['retour.champs']) && $this->format_reponse == 'noms/id') {$retour = $this->table_retour;$this->table_retour = array();$champs = explode(',', $this->parametres['retour.champs']);$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $retour);}unset($this->table_retour['href']);return $this->table_retour;}public function formaterIdChamp($resultat) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$reponse_id = $this->formaterId($resultat);$this->table_retour = array();$champs = explode(' ', $this->ressources[1]);$this->ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id);return $this->table_retour;}protected function ajouterChampsPersonnalises($champs, $reponse_id) {$champs_a_libeller = array('nom_retenu', 'rang', 'basionyme', 'hybride', 'hybride.parent_01','hybride.parent_02', 'presence', 'tax_sup', 'statut_origine', 'statut_culture', 'statut_introduction');if (! is_null($champs) && is_array($champs) && count($champs) > 0) {foreach ($champs as $champ) {if ($this->verifierValiditeChamp($champ)) {if (strrpos($champ, '.*') !== false) {$this->afficherPointEtoile($champ, $reponse_id);} elseif (in_array($champ, $champs_a_libeller)) {$this->table_retour[$champ.'.libelle'] =(isset($reponse_id[$champ.'.libelle'])) ? $reponse_id[$champ.'.libelle'] : null;} else {$champ = $this->trouverChampBddCorrespondant($champ);$this->table_retour[$champ] = (isset($reponse_id[$champ])) ? $reponse_id[$champ] : null;}}}}}public function afficherPointEtoile($champ, $reponse) {preg_match('/^([^.]+\.)\*$/', $champ, $match);if ($match[1] == 'nom_sci') {$this->afficherNomSciPointEpithete($this->resultat_req);} else {foreach ($reponse as $chp => $valeur) {if (strrpos($chp, $match[1]) !== false) {if ($valeur != '') {$this->table_retour[$chp] = $valeur;} else {$this->table_retour[$chp] = null;}}}}}public function decomposerNomChamp($champ) {$decomposition = false;if (preg_match('/^(?:([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+))(?:\.(.+))?$/', $champ, $match)) {$radical_champ = $match[1];$suffixe = (isset($match[2])) ? $match[2] : "";$decomposition = array($radical_champ, $suffixe);}return $decomposition;}public function verifierValiditeChamp($champ) {$decomposition = $this->decomposerNomChamp($champ);$validite_ressource = true;if ($decomposition) {list($radical, $suffixe) = $decomposition;$champs_complementaire = array('nom_retenu_complet', 'basionyme_complet');// on verifie si le nom du champ existe bienif (!$this->estChampApi($radical) && !$this->estChampComplementaire($radical)) {if (!in_array($radical, $champs_complementaire)) {$validite_ressource = false;$e = 'Le champ "'.$radical.'" n\'existe pas dans la base. <br/><br/>';$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}} elseif ($this->estUnPoint($champ)) {$validite_ressource = $this->verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical);}}return $validite_ressource;}public function estChampApi($radical_champ) {$champ_api_ok = false;if (in_array($radical_champ, $this->champs_api) || in_array($radical_champ, $this->correspondance_champs)) {$champ_api_ok = true;}return $champ_api_ok;}public function estChampComplementaire($radical_champ) {$champ_complementaire_ok = in_array($radical_champ, $this->champs_comp) ? true : false;return $champ_complementaire_ok;}public function verifierValiditeSuffixe($suffixe, $radical_champ) {$validite_ressource = true;if ($this->correspondAUnId($radical_champ) || $radical_champ == 'id') {$this->verificationSuffixesIdentifiant($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);} elseif ($this->correspondAUnCode($radical_champ)) {$this->verificationSuffixesCodes($suffixe, $radical_champ, $validite_ressource);} elseif ($radical_champ == 'nom_sci') {if ($suffixe != '*') {$validite_ressource = false;$m = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/>Les suffixes possibles sont les suivants : <li> * </li>';$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);}} else {$validite_ressource = false;$m = 'Erreur : Le paramètre "'.$radical_champ.'" ne peut pas présenter de suffixe. <br/><br/>';$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $m);}return $validite_ressource;}public function verificationSuffixesCodes(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource ) {if (!in_array($suffixe, array('*', 'code', 'href', 'details'))) {$validite_ressource = false;$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'.<br/> Les suffixes '.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .code </li><li> .href </li><li> .details </li>';$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}}public function verificationSuffixesIdentifiant(&$suffixe, &$radical_champ, &$validite_ressource) {if ((strrpos($radical_champ, 'parent') !== false && !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details', 'notes')))|| !in_array($suffixe, array('*', 'id', 'href', 'details')) && strrpos($radical_champ, 'parent') === false) {$validite_ressource = false;$e = 'Erreur : Le suffixe demandé n\'existe pas pour le champ "'.$radical_champ.'".<br/> Les suffixes '.'possibles sont les suivants : <li> .* </li><li> .id </li><li> .href </li><li> .details </li>'.'<li> .notes (seulement pour les hybride.parent)';$this->renvoyerErreur( RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}}//------------------------------fonction de formatage pour les services /stats/-----------------------------------------public function formaterStatsAnnee($resultat) {foreach ($resultat as $cle_annee) {$annee = ($cle_annee['annee'] != '') ? $cle_annee['annee'] : 'ND';$nb = $cle_annee['nombre'];$retour_stats_annee[$annee] = $nb;}return $retour_stats_annee;}public function formaterStatsRang($resultat) {foreach ($resultat as $rangs) {if ($rangs['rang'] != 0) {$rang = $rangs['rang'];if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {$retour_rang[$rang]['rang'] = $this->ajouterSignificationCode('rang',$rang);}$nombre = $rangs['nombre'];$retour_rang[$rang]['nombre'] = $nombre;}}return $retour_rang;}public function formaterStatsInitiales($resultat) {$rang = null;$table_rang = array();foreach ($resultat as $tuple) {if ($tuple['rang'] != 0) {$this->memoriserRang($table_rang, $tuple, $rang);if ($tuple['lettre'] == 'x ') {$this->ajouterHybrideChimere('hybride', $rang, $tuple);} elseif ($tuple['lettre'] == '+ ') {$this->ajouterHybrideChimere('chimere', $rang, $tuple);} else {$l = substr($tuple['lettre'], 0, 1);if (isset($this->table_retour[$rang][$l])) {$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] += floatval($tuple['nb']);} else {$this->table_retour[$rang][substr($tuple['lettre'], 0, 1)] = floatval($tuple['nb']);}}}}return $this->table_retour;}public function memoriserRang(&$table_rang, $tuple, &$rang) {if (is_array($table_rang)) {if (!in_array($tuple['rang'], $table_rang)) {$rang = $tuple['rang'];$table_rang[] = $rang;if ($this->parametres['retour.format'] == 'max') {$rang = $this->ajouterSignificationCode('rang', $rang);}}}}public function ajouterHybrideChimere($groupe, &$rang, &$tuple) {if (isset($this->table_retour[$rang][str_replace('hybride', 'hyb', $groupe)])) {$this->table_retour[$rang][$groupe] += floatval($tuple['nb']);} else {$this->table_retour[$rang][$groupe] = floatval($tuple['nb']);}}//-----------------------------Fonctions d'affichage utiliser dans les fonctions de formatage---------------------------public function afficherDonnees($champApi, $valeur) {$champBdd = $this->trouverChampBddCorrespondant($champApi);if ($this->parametres['retour.format'] == 'min') {if ($champApi == 'nom_sci') {$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);}if ($champApi == 'nom_sci_html') {$valeur = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');}$this->table_retour[$champBdd] = $valeur;} else {$this->afficherToutesLesInfos($champBdd, $valeur);}}public function trouverChampBddCorrespondant($champApi) {if (array_key_exists($champApi, $this->champs_api)) {$champBdd = $this->correspondance_champs[$champApi];} else {$champBdd = $champApi;}return $champBdd;}public function afficherToutesLesInfos($nom_champ_api, $valeur) {if ($this->presentePlusieursId($nom_champ_api, $valeur)) {preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'details', $valeur);$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;} elseif (strrpos($nom_champ_api, 'parent') !== false && strrpos($nom_champ_api, 'notes') !== false) {$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;} elseif (($this->correspondAUnId($nom_champ_api) || $nom_champ_api == 'id' && $valeur != '0')) {preg_match('/^([^.]+\.parent_0[12]|[^.]+)(?:\.id)?$/', $nom_champ_api, $match);$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'id,signification,href', $valeur);} elseif ($this->correspondAUnCode($nom_champ_api)) {preg_match('/^([^.]+)(?:\.code)?$/', $nom_champ_api, $match);$this->afficherInfosPrecises($match[1], 'code,signification,href', $valeur);} elseif ($nom_champ_api == 'nom_sci_html') {$this->table_retour['nom_sci_html'] = $valeur;$this->table_retour['nom_sci_html_complet'] = $valeur.' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req, 'htm');}elseif ($nom_champ_api != 'nom_sci') {$this->table_retour[$nom_champ_api] = $valeur;}}public function presentePlusieursId($ressource, $valeur = null) {if ($valeur) {$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false && strrpos($valeur, ',') !== false;} else { //pour la vérification du champ, on ignore alors la valeur de la ressource$presente = strrpos($ressource, 'proparte') !== false;}return $presente;}public function afficherInfosPrecises($champ, $suffixe, $valeur) {$suffixes = explode(',', $suffixe);//on initialise au service appelé. Sera potentiellement modifié dans la fonction afficherSignification()$this->service_href = $this->service;foreach ($suffixes as $suffixe) {switch ($suffixe) {case 'id' :$this->table_retour[str_replace('id.id', 'id', $champ.'.id')] = $valeur;break;case 'details' :$this->afficherTableDetails($champ, $valeur);break;case 'signification' :$this->afficherSignification($champ, $valeur);break;case 'href' :$url = $this->creerUrl($champ, $valeur);$this->table_retour[str_replace('id.href', 'href', $champ.'.href')] = $url;break;case 'code' :$this->table_retour[$champ.'.code'] = $this->obtenirCode($champ, $valeur);break;case 'notes' :$this->table_retour[$champ.'.notes'] = $this->resultat_req[str_replace('.', '_', $champ).'_notes'];break;default : break;}}}public function afficherTableDetails($nom_champ_api, $valeur) {$tab_id = explode(',', $valeur);$tab_res = $this->table_retour;$this->table_retour = array();foreach ($tab_id as $id) {$this->afficherInfosPrecises($nom_champ_api, 'id,signification,href', $id);$tab_res[$nom_champ_api.'.details'][] = $this->table_retour;$this->table_retour = array();}$this->table_retour = $tab_res;}private function obtenirCode($champ, $valeur) {$code = $this->transformerChampEnCode($champ);return "bdnt.$code:$valeur";}private function transformerChampEnCode($champ) {if (is_null($this->relationsChampsCodesOntologie)) {$this->relationsChampsCodesOntologie = Outils::recupererTableauConfig('ChampsCodesOntologie');}$code = $champ;if (array_key_exists($champ, $this->relationsChampsCodesOntologie)) {$code = $this->relationsChampsCodesOntologie[$champ];}return $code;}public function creerUrl($champ, $valeur) {if ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {$service = $this->service_href;$url = $this->ajouterHref($service, $valeur);} else {$code = $this->transformerChampEnCode($champ);$url = $this->ajouterHrefAutreProjet('ontologies', "$code:", $valeur, 'bdnt');}return $url;}public function afficherSignification($champ, $valeur) {if ($champ == 'id' && isset($this->resultat_req['nom_sci']) && $this->resultat_req['num_nom'] == $valeur) {//si le nom_sci du num_nom que l'on veut afficher est déjà dans la table de résultat :$this->table_retour['nom_sci'] = $this->resultat_req['nom_sci'];$this->table_retour['nom_sci_complet'] = $this->resultat_req['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($this->resultat_req);} elseif ($this->correspondAUnId($champ) || $champ == 'id') {$nom = $this->recupererNomSci($valeur);if ($nom != array()) {$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $nom['nom_sci'];$this->table_retour[$champ.'_html'] = $nom['nom_sci_html'];$this->table_retour[$champ.'_complet'] = $nom['nom_sci_complet'];$this->table_retour[$champ.'_html_complet'] = $nom['nom_sci_complet_html'];$this->service_href = $nom['service'];}} elseif ($this->correspondAUnCode($champ)) {$this->table_retour[$champ.'.libelle'] = $this->ajouterSignificationCode($champ, $valeur);}}/** Permet d'afficher les élements nomenclatural du nom_sci lors de l'appel dans le service noms/id/champ du champ^nom_sci.*/public function afficherNomSciPointEpithete($resultat) {$tab_nom_sci = array('nom_supra_generique', 'genre', 'epithete_infra_generique', 'epithete_sp','type_epithete', 'epithete_infra_sp', 'cultivar_groupe', 'cultivar', 'nom_commercial');foreach ($tab_nom_sci as $compo_nom) {if (isset($resultat[$compo_nom]) && !empty($resultat[$compo_nom])) {$this->table_retour['nom_sci.'.$compo_nom] = $resultat[$compo_nom];}}}public function ajouterSignificationCode($champ, $valeur) {if($this->termeOntologieEstEnCache($champ, $valeur)) {$nom_code = $this->obtenirTermeOntologieParCache($champ, $valeur);} else {$code = $this->transformerChampEnCode($champ);if (preg_match('/^([^_-]+)(?:_|-)([^_-]+)$/', $code, $match)) {$code = $match[1].ucfirst($match[2]);}$url = Config::get('url_ontologie').$code.':'.$valeur.'/nom';$res = $this->consulterHref($url); //dans commun.php$nom_code = $valeur;if (is_object($res)) {$nom_code = $res->nom;}$this->mettreEnCacheOntologie($champ, $valeur, $nom_code);}return $nom_code;}public function recupererNomSci($id) {$nom = array();if ($id != 0) {if ($this->compo_nom == null) {$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;} else { //on ajoute à la requete sql, les champs de ns.structure//print_r($this->compo_nom);$req = 'SELECT nom_sci, num_nom_retenu, nom_sci_html, '.implode(', ', $this->compo_nom).' FROM '.$this->table.' WHERE num_nom = '.$id;}if ($this->parametres['ns.format'] == 'htm') {$req = str_replace('nom_sci', 'nom_sci_html as nom_sci', $req);}$res = $this->getBdd()->recuperer($req . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__);if ($res) {$nom['nom_sci'] = $res['nom_sci'];$nom['nom_sci_html'] = $res['nom_sci_html'];$nom['nom_sci_complet'] = $res['nom_sci'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res);$nom['nom_sci_complet_html'] = $res['nom_sci_html'].' '.$this->ajouterCompositionNom($res, 'htm');$nom['service'] = ($res['num_nom_retenu'] == $id && $this->service == 'taxons') ? 'taxons' : 'noms';}}return $nom;}/** Permet de retourner une chaine de caractère composée des parametres du nom (ns.structure : annnée, auteur,* bibilio et addendum). A ajouter au nom scientifique */public function ajouterCompositionNom($tab_res, $format = '') {$format = ($format == '') ? $this->parametres['ns.format'] : $format;$nom = '';if (isset($this->compo_nom)) {if ($format == 'htm') {$format = array('au' => '<span class="auteur">%s</span>','an' => '[<span class="annee">%s</span>]','an_bib' => '[<span class="annee">%s</span>, <span class="biblio">%s</span>]','bib' => '[<span class="biblio">%s</span>]','ad' => '[<span class="adendum">%s</span>]');} else {$format = array('au' => '%s','an' => '[%s]','an_bib' => '[%s, %s]','bib' => '[%s]','ad' => '[%s]','gen' => '%s','sp' => '%s','ssp' => '%s','fam' => '%s','au_ss' => '%s','bib_ss' => '%s');}$compo_nom = array();foreach ($this->compo_nom as $key => $champ) {if (isset($tab_res[$champ]) && !empty($tab_res[$champ])) {$compo_nom[$key] = $tab_res[$champ];}}$nom_complet = $this->formerNomComplet($compo_nom, $format);$nom = implode(' ', $nom_complet);}return rtrim($nom, ' ');}public function formerNomComplet($compo_nom, $format) {$nom_complet = array();extract($compo_nom);if (isset($au)) $nom_complet[] = sprintf($format['au'], $au);if (isset($an)) {if (isset($bib)) {$nom_complet[] = sprintf($format['an_bib'], $an, $bib);} else {$nom_complet[] = sprintf($format['an'], $an);}} elseif (isset($bib)) {$nom_complet[] = sprintf($format['bib'], $bib);}if (isset($ad)) $nom_complet[] = sprintf($format['ad'], $ad);if (isset($gen)) $nom_complet[] = sprintf($format['gen'], $gen);if (isset($ssp)) $nom_complet[] = sprintf($format['ssp'], $ssp);if (isset($sp)) $nom_complet[] = sprintf($format['sp'], $sp);if (isset($fam)) $nom_complet[] = sprintf($format['fam'], $fam);if (isset($au_ss)) $nom_complet[] = sprintf($format['au_ss'], $au_ss);if (isset($bib_ss)) {$bibl = $this->tronquerBiblio($bib_ss);//simule un 'select distinct' sur les biblio tronquéesif (!isset($this->bib_traitees[$bibl])) {$nom_complet[] = sprintf($format['bib_ss'],$bibl );$this->bib_traitees[$bibl] = 1;}}return $nom_complet;}public function tronquerBiblio($valeur){$bib = '';if(strpos($valeur,',') !== false) {$bib = explode(',',$valeur);}if(strpos($bib[0],';') !== false) {$bib[0] = strstr($bib[0],';');$bib[0] = str_replace('; ','',$bib[0]);}return $bib[0];}public function correspondAUnCode($key) {return (strrpos($key, '.code') !== false) || (in_array($key.'.code', $this->correspondance_champs));}public function correspondAUnId($key) {return (strrpos($key, '.id') !== false) || (in_array($key.'.id', $this->correspondance_champs));}public function estUnPoint($key) {if (strrpos($key, 'hybride.parent') !== false) {$key = str_replace('hybride.parent', 'hybride_parent', $key);}return (strrpos($key, '.') !== false);}public function recupererMasquePrincipal() {$masque = null;$tab_masque = array('masque' => 'nom_sci','masque_sg' => 'nom_supra_generique','masque_gen' => 'genre','masque_sp' => 'epithete_sp','masque_ssp' => 'epithete_infra_sp','masque_au' => 'auteur','masque_an' => 'annee','masque_bib' => 'biblio_origine','masque_ad' => 'addendum','masque_rg' => 'rang');$liste_masque = array();if (isset($this->masque['num_nom'])) {$liste_masque[] = $this->masque['num_nom'];}foreach ($tab_masque as $key => $filtre) {if (isset($this->masque[$filtre])) {if (!isset($masque) && !in_array($filtre, array('rang', 'annee'))) {$masque = array($key, $filtre);}$liste_masque[] = $this->masque[$filtre];}}$this->masque = $liste_masque;return $masque;}private function mettreEnCacheOntologie($categorie, $valeur, $correspondance) {if(!isset($this->ontologie[$categorie])) {$this->ontologie[$categorie] = array();}if(!isset($this->ontologie[$categorie][$valeur])) {$this->ontologie[$categorie][$valeur] = array();}$this->ontologie[$categorie][$valeur] = $correspondance;}private function termeOntologieEstEnCache($categorie, $valeur) {return array_key_exists($categorie, $this->ontologie) && array_key_exists($valeur, $this->ontologie[$categorie]);}private function obtenirTermeOntologieParCache($categorie, $valeur) {return $this->ontologie[$categorie][$valeur];}}?>