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<?php// declare(encoding='UTF-8');// ou ISO-8859-15/*** Description :* Classe Taxons.php permettant de fournir des informations sur les noms scientifiques retenu.* Si l'url finit par /taxons on retourne une liste de noms latin et leurs identifiants (seulement les 100 premeiers noms par défaut).* L'url peut contenir des paramètres optionnels passés après le ? : /taxons?param1=val1¶m2=val2&...** Les paramètres de requête disponibles sont : masque, recherche, rang, distinct, retour.format, nl.format,* nl.structure, navigation.depart et navigation.limite.** Encodage en entrée : utf8* Encodage en sortie : utf8* @package framework-v3* @author Jennifer Dhé <jennifer.dhe@tela-botanica.org>* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>* @version 1.0* @copyright 1999-${year} Tela Botanica (accueil@tela-botanica.org)*/class Taxons extends CommunNomsTaxons {/** Permet de stocker la requete formulée taxons | taxons/#id | taxons/#id/#champ+#champ ...*/protected $format_reponse = 'taxons';protected $service = 'taxons';protected $requete_champ = 'num_nom, nom_sci, num_nom_retenu, num_taxonomique ';protected $requete_condition = null;protected $requete_group_by = ' ';/** Permet de stocker les limite de la requete SQL (par défaut seul les 100 premiers résultats seront retournés).*/protected $limite_requete = array('depart' => 0, 'limite' => 100);protected $num_nom_taxon; //Stocke le num_nom du nom retenu du num_nom recherchéprotected $presence_num_tax = true;public function consulter($ressources, $parametres) {return parent::consulter($ressources, $parametres);}public function traiterParametresSpecifiques() {$this->requete_condition[] = 'num_nom = num_nom_retenu';foreach ($this->parametres as $param => $val) {switch ($param) {case 'masque' :$this->ajouterFiltreMasque('nom_sci', $val);break;case 'masque.nt' :$this->requete_condition[] = "num_taxonomique IN ($val)";$this->masque[] = "num_tax=$val";break;case 'masque.rg':$this->requete_condition[] = 'rang = '.$this->getBdd()->proteger($val);$this->masque[] = "rang=$val";break;}}}//------------------------------------------Fonction ressources---------------------------------------------------------------------public function gererNumTax() {if (!in_array('num_taxonomique', $this->champs_table)) {$this->presence_num_tax = false;$this->requete_champ = str_replace(', num_taxonomique ', '', $this->requete_champ);} else {$this->presence_num_tax = true;}}public function traiterRessourcesIdentifiant() {$this->format_reponse = 'taxons/id';$this->traiterRessourceNtId();$this->num_nom_taxon = $this->recupererNumNomTaxon(); //on recupere le taxon correspondant au num_nom recherchéif ($this->entete_http == '') {$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon);if (isset($this->ressources[1]) && !empty($this->ressources[1])) {//---------------- requete de type taxons/#id/#champ+#champ--------------------------------------if ($this->ressources[1] != 'relations') { // SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';$this->format_reponse .= '/champ';//---------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------} elseif ($this->ressources[1] == 'relations') {$this->traiterRessourceIdRelations();} else {$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/><li> #id/relations </li> <li> #id/#champ+#champ </li> <li> #id/relations </li><li> #id/relations/inferieurs </li> <li> #id/relations/superieurs </li>';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}} else { //--------------- requete de type taxons/#id-----------------------------------------------------$this->requete_champ = ' *, nom_sci ';}}}public function traiterRessourceNtId() {if (strrpos($this->ressources[0], 'nt:') !== false) {if ($this->presence_num_tax) {// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = num_nom_retenu AND num_taxonomique = X;$this->requete_condition[0] = ' num_taxonomique = '.str_replace('nt:', '', $this->ressources[0]).' ';} else {$e = 'Erreur dans votre requête : </br> Le numéro taxonomique n\'existe pas dans ce projet';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);}} else {// SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_nom_retenu FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);$this->requete_condition[0] = 'num_nom = '.$this->ressources[0];}}/** Permet de récupérer le num_nom du taxon recherché. Soit le numéro taxonomique est demandé (avec nt: )* soit un num_nom dont on recherche le num_nom_retenu */public function recupererNumNomTaxon() {$identifiant = '';if ($this->entete_http == '') {//on récupere l'identifiant du taxon correspondant au num_nom ou num_taxonomique demandé pour pouvoir l'afficher$req_tax = 'SELECT num_nom_retenu FROM '.$this->table.' WHERE '.$this->requete_condition[0];$res_tax = $this->getBdd()->recuperer($req_tax . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ );//on recherche ensuite les identifiants des taxons supérieurs ou inférieursif ($res_tax && $res_tax != '') {$identifiant = $res_tax['num_nom_retenu'];} else {$e = 'Le numéro de taxon ou l\'identifiant de nom correspondant au num_nom '.$this->ressources[0].' n\'existe pas dans la base.';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);Debug::printr($req_tax);}}return $identifiant;}public function traiterRessourceIdRelations() {//----------------- requete de type taxons/#id/relations-------------------------------------------// SELECT *, nom_sci FROM bftfx_v2_00 WHERE num_nom = X;$this->format_reponse .= '/relations';if (isset($this->ressources[2]) && !empty($this->ressources[2])) {//------------- requete de type taxons/#id/relations/#relation--------------------------------switch ($this->ressources[2]) {case 'superieurs' :$rel = 'recupererIdSup';$this->format_reponse .= '/superieurs';$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);break;case 'inferieurs' :$rel = 'recupererIdInf';$this->format_reponse .= '/inferieurs';$this->traiterRessourceIdRelationInfSup($rel);break;case 'hierarchie' :$rel = 'recupererIdHierarchie';$this->format_reponse .= '/hierarchie';$this->traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel);break;default :$e = 'Erreur dans votre requête </br> Ressources disponibles : <br/><li> taxons/#id/relations </li><li> #id/relations/inferieurs </li><li> #id/relations/superieurs </li>';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_MAUVAISE_REQUETE, $e);break;}}}public function traiterRessourceIdRelationInfSup($rel) {//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs$res_relation = $this->$rel();//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :if ($res_relation == '') { //dans le cas ou la requete comporte des erreurs$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);} elseif ($res_relation) {//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];$res = implode(',',$res);$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe$res = array($this->num_nom_taxon => null);$this->corps_http = json_encode($res);$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;}}public function traiterRessourceIdRelationHierarchie($rel) {//Appel de la fct récupérerIdSup ou recupererIdInf : retourne les num_nom des noms inferieurs ou superieurs$res_relation = $this->$rel();//analyse du résultat retourné par la requete de recherche des identifiants correspondant aux taxons inf|sup :if ($res_relation == '') {//dans le cas ou la requete comporte des erreurs$e = 'Fct traiterRessourceIdRelationInfSup : La requête forme comporte une erreur!';$this->renvoyerErreur(RestServeur::HTTP_CODE_RESSOURCE_INTROUVABLE, $e);} elseif ($res_relation) {//dans le cas ou une ou plusieurs relations est retournée, on récupère les identifiants ss la forme (id, id, id)foreach ($res_relation as $ligne) $res[] = $ligne['num_nom'];$res = implode(',',$res);$this->requete_condition[0] = "num_nom IN ($res)";$this->requete_champ .= ', rang, num_tax_sup ';} else { //dans le cas ou aucune relation n'existe$res = array($this->num_nom_taxon => null);$this->corps_http = json_encode($res);$this->entete_http = RestServeur::HTTP_CODE_OK;}}public function recupererIdHierarchie() {$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table.' '.' WHERE hierarchie LIKE CONCAT('.'(SELECT hierarchie FROM '.$this->table.' '.'WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon).')'.', '.$this->getBdd()->proteger($this->num_nom_taxon.'-%').')';$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ );return $res_relation;}public function recupererIdInf() {//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);$req_relation = 'SELECT num_nom FROM '.$this->table.' WHERE num_tax_sup = (SELECT num_nom FROM '.$this->table.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition).')';$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ );return $res_relation;}public function recupererIdSup() {//SELECT num_nom FROM bfdtx_v2_00 WHERE num_nom = (SELECT num_tax_sup FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_nom = X);$req_relation = 'SELECT num_tax_sup as num_nom FROM '.$this->table.' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);$res_relation = $this->getBdd()->recupererTous($req_relation . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ );return $res_relation;}public function traiterRessourceStatsInitiales() {// SELECT count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY rang, left(nom_sci, 2);$this->format_reponse = 'taxons/stats/initiales';$this->requete_champ = 'count(nom_sci) as nb, rang, left(nom_sci, 2) as lettre ';$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang, left(nom_sci, 2) ';}public function traiterRessourceStatsRangs() {// SELECT count(*) as nombre, rang FROM bdtfx_v2_00 [WHERE rang = 290] GROUP BY rang ORDER BY rang;$this->format_reponse = 'taxons/stats/rangs';$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, rang ';$this->requete_group_by = ' GROUP BY rang ORDER BY rang ';}public function traiterRessourceStatsAnnees() {// SELECT count(*) as nombre, annee FROM bdtfx_v2_00 GROUP BY annee ORDER BY annee;$this->format_reponse = 'taxons/stats/annees';$this->requete_champ = 'count(*) as nombre, annee ';$this->requete_group_by = ' GROUP BY annee ORDER BY annee ';}//-----------------------------FONCTIONS DASSEMBLAGE DE LA REQUETE-----------------------------------------------------public function assemblerLaRequete() {if ($this->format_reponse != 'taxons/stats/initiales') {$this->mettreAuFormat(); //on remplace les nom_sci par les nom_sci_html}$requete = ' SELECT '.$this->requete_champ.' FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by.$this->formerRequeteLimite() .' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ ;return $requete;}public function formerRequeteLimite() {if ($this->format_reponse != 'taxons' && $this->format_reponse != 'taxons/id/relations/homonymie') {$this->requete_limite = '';} elseif (($depart = $this->limite_requete['depart']) > ($this->total_resultat = $this->recupererTotalResultat())) {$this->limite_requete['depart'] = (($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']) < 0) ? 0 : ($this->total_resultat - $this->limite_requete['limite']);$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];} else {$this->requete_limite = ' LIMIT '.$this->limite_requete['depart'].', '.$this->limite_requete['limite'];}return $this->requete_limite;}public function retournerRequeteCondition() {$condition = '';if ($this->requete_condition) {$condition = ' WHERE '.implode(' AND ', $this->requete_condition);}return $condition;}public function recupererTotalResultat() {$requete = 'SELECT count(*) as nombre FROM '.$this->table.$this->retournerRequeteCondition().$this->requete_group_by;$res = $this->getBdd()->recuperer($requete);if ($res) {$total = $res['nombre'];}return $total;}//-------------------------FONCTIONS DE FORMATION DU RESULTAT-----------------------------------------------------------/** Permet de récupérer le résultat à retourner propre à chaque requete et de l'encoder en json*/public function retournerResultatFormate($resultat, $version) {switch ($this->format_reponse) {case 'taxons/id' ://ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterId($resultat[0]);break;case 'taxons/id/champ' ://ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterIdChamp($resultat[0]);break;case 'taxons/id/relations' :$reponse = $this->formaterIdRelations($resultat[0],$version);break;case 'taxons/id/relations/superieurs' :$reponse = $this->formaterIdSuperieur($resultat, $version);break;case 'taxons/id/relations/inferieurs' :$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);break;case 'taxons/id/relations/hierarchie' :// le formatage de la hiérarchie est identique aux relations inférieures$reponse = $this->formaterIdInferieur($resultat);break;case 'taxons/stats/annees' : //ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterStatsAnnee($resultat);break;case 'taxons/stats/rangs' ://ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterStatsRang($resultat);break;case 'taxons/stats/initiales' ://ds CommunNomsTaxons$reponse = $this->formaterStatsInitiales($resultat);break;case 'taxons' :$reponse = $this->formatertaxons($resultat);break;}return $reponse;}//----------------------concerne les resultats pour des requetes de type /noms avec ou sans paramètres--------------public function formaterTaxons($resultat) {if ($this->parametres['retour.format'] == 'oss') {$reponse = $this->formaterEnOss($resultat);} else {$reponse = $this->formaterEnJsonMax($resultat);}return $reponse;}public function formaterEnJsonMax($resultat) {//print_r($resultat);$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$masque = $this->recupererMasquePrincipal();if (isset($masque)) $resultat = $this->trierRechercheFloue($this->parametres[$masque[0]], $resultat, $masque[1]);$table_retour_json['entete'] = $this->afficherEnteteResultat('/'.$this->service);//on remplit la table $table_retour_json['resultat']$tab_tax_inf = $this->recupererListeTaxonInf($resultat);foreach ($resultat as $tab) {$num = $tab['num_nom'];if (isset($this->parametres['masque.nt'])) $this->afficherDonnees('num_taxonomique', $tab['num_taxonomique']);$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);$this->afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf);$resultat_json[$num] = $this->table_retour;$this->table_retour = array(); //on vide le tableau table_retour}$table_retour_json['resultat'] = $resultat_json;return $table_retour_json;}//--------------------concerne les resultats pour des requetes de type noms/id----------------------------------------public function formaterIdRelations($resultat, $version) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$this->resultat_req = $resultat;$retour_id_rel = array ('entete' => array()); //on initialise pr que l'entete apparaisse en premier$superieurs = $this->ajouterRelations('superieurs'); //, $version);if (isset($superieurs)) $retour_id_rel['resultat']['superieurs'] = $superieurs;$inferieurs = $this->ajouterRelations('inferieurs', $version);if (isset($inferieurs)) $retour_id_rel['resultat']['inferieurs'] = $inferieurs;if (!isset($retour_id_rel['resultat'])) { //on renvoit un tableau null si il n'existe aucune relations$retour_id_rel = 'null';} else { //on rajoute l'entete si des relations existent$this->afficherDonnees('num_nom', $this->num_nom_taxon); //$this->afficherEnteteResultat($resultat, '/'.$this->service.'/'.$this->ressources[0].'/relations/synonymie');$retour_id_rel['entete'] = $this->table_retour;$this->table_retour = array();}return $retour_id_rel;}public function ajouterRelations($relation, $version) {$version = str_replace(Config::get('bdd_table').'_', '', $version);$res = null;$taxon = $this->num_nom_taxon;$parametres_url = '';if ($this->parametres != array()) $parametres_url = '?'.http_build_query($this->parametres, '', '&');$url = Config::get('url_service').'/'.$this->service.'/'.$version.'/'.$this->ressources[0].'/relations/'.$relation.$parametres_url;$relation = $this->consulterHref($url);if (isset($relation->resultat)) {$res = $relation->resultat;} elseif (isset($relation->$taxon)) { //pour les relations inf et sup$res = $relation->$taxon;}return $res;}public function formaterIdSuperieur($resultat, $version) {$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$tab_relation = null; //si il n'existe aucune relation$taxon_sup_traites = array();if (($resultat) != '' ) {//on recupere d'abord les rangs supérieurs$sup = $resultat[0];do {$sup = $this->recupererIdSuperieur($sup['num_tax_sup'], $version);if(!in_array($sup['num_nom'], $taxon_sup_traites)) {$taxon_sup_traites[] = $sup['num_nom'];} else {$sup = null;}if ($sup['rang'] == '0') $sup['rang'] = '10'; //erreur dans la baseif (isset($sup)) $resultat[] = $sup;} while ($sup != null);krsort($resultat);//on les affiche ensuiteforeach ($resultat as $tab) {$this->resultat_req = $tab;$num = $tab['num_nom'];$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);$tab_inf[$num] = $this->table_retour;$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];$this->table_retour = array();}$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;}return $tab_relation;}public function recupererIdSuperieur($id, $version) {$req = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci FROM '.$version.' WHERE num_nom = '.$this->getBdd()->proteger($id);$res = $this->getBdd()->recupererTous($req . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ );if ($res) {$resultat = $res[0];} else {$resultat = null; //on return null si il n'y a pas de taxon superieur}return $resultat;}public function formaterIdInferieur($resultat) {// Attention à l'ordre, on doit d'abord récupérer correpondance_champs avant champs_api$this->recupererTableSignification('correspondance_champs,champs_api,champs_comp');$tab_relation = null;if (($resultat) != array()) {foreach ($resultat as $tab) {$this->resultat_req = $tab;$num = $tab['num_nom'];$this->afficherNomHrefRetenu($tab, $num);if(!empty($tab['rang'])) {$this->afficherDonnees('rang', $tab['rang']);}$tab_inf[$num] = $this->table_retour;$tab_inf[$num]['nom_sci'] = $tab['nom_sci'];$tab_inf[$num]['num_nom'] = $tab['num_nom'];$this->table_retour = array();}$tab_relation[$this->num_nom_taxon] = $tab_inf;}return $tab_relation;}public function afficherTaxonInfNb($num, $tab_tax_inf) {foreach ($tab_tax_inf as $taxNb) {if ($taxNb['num_tax_sup'] == $num) {$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = $taxNb['nb'];}}if (!isset($this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'])) {$this->table_retour['taxon_inferieur_nbre'] = '0';}}public function recupererListeTaxonInf($resultat) {// SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM bdtfx_v2_00 WHERE num_tax_sup IN (id, id, id) AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';foreach ($resultat as $tab) {$tab_num[] = $tab['num_nom']; //on regroupe ici les id des taxons dont on cherche le nb de taxon inf}$req = 'SELECT num_tax_sup, count(*) as nb FROM '.$this->table.' WHERE num_tax_sup IN ('.implode(',',$tab_num).') AND num_nom = num_nom_retenu GROUP BY num_tax_sup';$res = $this->getBdd()->recupererTous($req . ' -- ' . __FILE__ . ':' . __LINE__ );if ($res) {$resultat = $res;} else {$resultat = array(); //on retourne un tableau vide s'il n'y a pas de taxon inférieurs}return $resultat;}}?>