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<?php
/**
* Service fournissant des informations sur les référentiels répondant aux critères de recherche
* fournis en paramètre.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
* @author Delphine CAUQUIL <delphine@tela-botanica.org>
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-fr.txt Licence CECILL
* @license http://www.gnu.org/licenses/gpl.html Licence GNU-GPL
* @version $Id$
* @copyright 2010 Tela-Botanica
*/
class Recherche extends Ref {
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
* Elle sert d'aiguilleur pour appeller la méthode correspondant au type de recherche passé en paramêtre.
*/
public function getElement($param = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nous recherchons le type de requête demandé
$type = $param[0];
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($param);
$info = $this->$methode($param);
} else {
$this->messages[] = "Le type de recherche demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/* Méthode pour récupérer le nombre de taxons répondant à la requête
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/Nombre/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombre($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' COUNT(num_nom) AS nbre FROM '.$referentiel.
$this->construireWhere($p).' ';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
$info = $donnees['nbre'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de taxons
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/ParDefaut/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementParDefaut($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
// Construction de la requête
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' num_nom, nom_sci, auteur, annee, '.
'biblio_origine, nom_addendum, num_nom_retenu, presence, exclure_taxref'.
' FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer le nombre de taxons répondant à une requête sur la synonymie
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/Nombre/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = 'SELECT count(DISTINCT num_nom_retenu) as nbr FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).';';
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees['nbr'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de taxons
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/ParDefaut/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementParTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = '';
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$liste_nom = $this->getNomRetenu($param);
if ($liste_nom != '') {
// Construction de la requête
// si recherche des synonymes
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' num_nom, nom_sci, auteur, annee, '.
'biblio_origine, nom_addendum, num_nom_retenu, basionyme, synonyme_mal_applique, presence, exclure_taxref '.
' FROM '.$referentiel.' WHERE num_nom_retenu IN ('.$liste_nom.') '.
'ORDER BY nom_sci ASC ';
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
$info = $donnees;
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
}
return $info;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de taxons
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/ParDefaut/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreSynonymeParTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = '';
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$liste_nom = $this->getNomRetenu($param);
if ($liste_nom != '') {
// Construction de la requête
// si recherche des synonymes
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' COUNT(num_nom) as nbr, num_nom_retenu '.
'FROM '.$referentiel.' WHERE num_nom_retenu IN ('.$liste_nom.') GROUP BY num_nom_retenu '.
'ORDER BY nom_sci ASC ';
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
foreach($donnees as $ligne) {
$info[$ligne['num_nom_retenu']] = $ligne['nbr'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
}
return $info;
}
/**
* Récupérer le nombre de taxons d'une classifiation (infra ou supra)
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/NombreClassif/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreClassif($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$requete = '';
if (isset($p['classif'])) {
if (!isset($p['nn'])) {
$p['rg'] = 180;
}
if ($p['classif'] == 'infra') {
$requete = 'SELECT COUNT(num_nom) as nbr '.
'FROM '.$referentiel.' '.
'WHERE num_tax_sup IN '.
'(SELECT num_nom '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).') ';
} else {
$requete = 'SELECT count(distinct num_tax_sup) as nbr '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).' ';
}
} else {
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = 'SELECT count(DISTINCT num_nom_retenu) as nbr FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).';';
}
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
$info = $donnees['nbr'];
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/**
* Récupérer le nombre de taxons d'une classifiation (infra ou supra)
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/NombreClassif/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementNombreClassifParTaxon($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$requete = '';
if (isset($p['classif'])) {
if (!isset($p['nn'])) {
$p['rg'] = 180;
}
if ($p['classif'] == 'infra') {
$requete = 'SELECT COUNT(num_nom) as nbr, num_tax_sup '.
'FROM '.$referentiel.' '.
'WHERE num_tax_sup IN '.
'(SELECT num_nom '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).') GROUP BY num_tax_sup';
} else {
$requete = 'SELECT count(distinct num_tax_sup) as nbr, num_tax_sup '.
'FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).' GROUP BY num_tax_sup';
}
} else {
// Construction de la requête
// Il est important de compter le nombre de taxons pour l'affichage
$requete = 'SELECT count(DISTINCT num_nom_retenu) as nbr, num_tax_sup FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).' GROUP BY num_tax_sup;';
}
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
foreach($donnees as $ligne) {
$info[$ligne['num_tax_sup']] = $ligne['nbr'];
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
/**
* Récupérer la classification d'un taxon donné (ses enfants ou parents)
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Recherche/Hierarchie/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, mots, paramétres avancés (dont classif est le sens de la requête infra ou supra)
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementClassification($param) {
$resultats = array();
try {
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
$classif = $p['classif'];
//Si on ne recherche pas sur un numéro taxonomique, on veut ne trouver que les familles
if (!isset($p['nn'])) {
$p['rg'] = 180;
}
// Récupérer les informations du nom sélectionné
$requete = (($this->distinct) ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').
' num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, nom_addendum,'.
' num_nom_retenu, presence, exclure_taxref, num_tax_sup'.
' FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p).
' ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC');
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
if ($classif == 'infra') {
$resultats = $this->trouverInfra($referentiel, $donnees);
} else {
$resultats = $this->trouverSupra($referentiel, $donnees);
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
return $resultats;
}
/**
* Parcourir les données passées en paramètre pour trouver les taxons inférieurs
* @param $referentiel String le référentiel pour la requête
* @param $donnees Array un tableau de résultats contenant des lignes taxons
* @return un tableau de résultats contenant les taxons inférieurs
* */
public function trouverInfra($referentiel, $donnees) {
$resultats = array();
foreach ($donnees as $taxon) {
$donneesInfras = array();
$requete = 'SELECT DISTINCT '.
' num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, nom_addendum,'.
' num_nom_retenu, presence, exclure_taxref'.
' FROM '.$referentiel.
' WHERE num_tax_sup = '.$taxon['num_nom'].' '.
' ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
$donneesInfras = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donneesInfras !== false) {
$resultats = array_merge($resultats, $donneesInfras);
}
}
return $resultats;
}
/**
* Parcourir les données passées en paramètre pour trouver les taxons supérieurs
* @param $referentiel String le référentiel pour la requête
* @param $donnees Array un tableau de résultats contenant des lignes taxons
* @return un tableau de résultats contenant les taxons supérieurs
* */
public function trouverSupra($referentiel, $donnees) {
$resultats = array();
$numNomSup = array();
foreach ($donnees as $taxon) {
$numNomSup[] = $taxon['num_tax_sup'];
}
// Récupérer les taxons supérieurs :
$requete = 'SELECT DISTINCT '.
' num_nom, nom_sci, auteur, annee, biblio_origine, nom_addendum,'.
' num_nom_retenu, presence, exclure_taxref, num_tax_sup'.
' FROM '.$referentiel.
' WHERE num_nom IN ('.implode(',', $numNomSup).') '.
' ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'nom_sci ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
$donneesSupras = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donneesSupras !== false) {
$resultats = $donneesSupras;
}
return $resultats;
}
/* Méthode pour récupérer une liste de noms retenus
*/
public function getNomRetenu($param) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Pré traitement des paramètres
$p = $this->pretraiterParametresUrl($param);
$referentiel = substr($p['ref'], 2, -2);
// Construction de la requête
// si recherche des synonymes
$requete_nom_retenu = 'SELECT DISTINCT num_nom_retenu FROM '.$referentiel.$this->construireWhere($p)
." ORDER BY nom_sci ASC LIMIT $this->start, $this->limit ".';';
try {
$info = '';
$donnees_nom_retenu = $this->bdd->query($requete_nom_retenu)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees_nom_retenu === false) {
$this->messages[] = "La requête n'a retourné aucun résultat.";
} else {
$liste_nom = '';
foreach ($donnees_nom_retenu as $donnees_nom) {
if ($donnees_nom['num_nom_retenu'] != '') {
$liste_nom .= (!empty($liste_nom) ? ', ' : '').'"'.$donnees_nom['num_nom_retenu'].'"';
}
}
$info = $liste_nom;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $info;
}
private function pretraiterParametresUrl($param) {
// Tableau des paramètres qui peuvent être passés dans l'url
$params_passes = array('ref' => 'str',
'mots' => 'str',
'sg' => 'str_exact',
'gen' => 'str_exact',
'sp' => 'str_exact',
'ssp' => 'str_exact',
'au' => 'str',
'an' => 'str',
'nn' => 'int',
'bib' => 'str',
'nr' => 'bool',
'tax' => 'bool',
'pre' => 'bool',
'taxref' => 'bool',
'classif' => '',
'rg' => 'int');
$p = $this->traiterParametresUrl(array_keys($params_passes), $param, false);
//$this->debug[] = $param;
foreach ($params_passes as $param_passe => $type) {
if (isset($p[$param_passe])) {
// Suppression des éventuels espaces en début et fin de chaine
$valeur = trim($p[$param_passe]);
// Type de paramètre chaine
if ($type == 'str') {
// Suppression des slash
$valeur = stripslashes($valeur);
// Utilisation d'une recherche de chaîne
if (preg_match('/^"(.*)"$/', $valeur, $match)) {
$valeur = '%'.$match[1].'%';
} elseif ($valeur == "#") {
}else{
// Recherche de mots non liés
$mots = explode(' ', $valeur);
$valeur = '%'.implode ('%', $mots).'%';
}
// Mise en place des quotes pour l'interrogation dans la bdd
$valeur = $this->bdd->quote($valeur);
}
// Type de paramètre chaine exacte
if ($type == 'str_exact') {
// Suppression des slash
$valeur = stripslashes($valeur);
// Utilisation d'une recherche de chaîne exacte
if (preg_match('/^"(.*)"$/', $valeur, $match)) {
$valeur = $match[1];
} else {
// Recherche de mots non liés
$mots = explode(' ', $valeur);
$valeur = implode (' ', $mots);
}
// Mise en place des quotes pour l'interrogation dans la bdd
$valeur = $this->bdd->quote($valeur);
}
// Type de paramètre booléen
if ($type == 'bool') {
if (preg_match('/^[0]$/', $valeur)) {
$valeur = false;
} else if (preg_match('/^[1]$/', $valeur)) {
$valeur = true;
} else {
$this->messages[] = "Le paramètre '$param_passe' attend une valeur de type 0 ou 1 et non '$valeur'.";
$valeur = null;
}
}
// Type de paramètre entier
if ($type == 'int') {
if (!preg_match('/^(?:[0-9]+,\s*)*[0-9]+$/', $valeur)) {
$this->messages[] = "Le paramètre '$param_passe' attend une ou plusieurs valeurs de type entiers ".
"séparés par des virgules et non '$valeur'.";
$valeur = null;
}
}
$p[$param_passe] = $valeur;
}
}
return $p;
}
private function construireWhere($p) {
// Initialisation de variables
$where = ' WHERE ';
// Construire where en fonction des paramêtres
if (isset($p['mots'])) {
if (stripos($p['mots'], "#") == 1) {
$where .= " 1 ";
} else {
$where .= 'AND ('.
" num_nom LIKE {$p['mots']} ".
" OR num_nom_retenu LIKE {$p['mots']} ".
" OR num_tax_sup LIKE {$p['mots']} ".
" OR rang LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_sci LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_supra_generique LIKE {$p['mots']} ".
" OR genre LIKE {$p['mots']} ".
" OR epithete_infra_generique LIKE {$p['mots']} ".
" OR epithete_sp LIKE {$p['mots']} ".
" OR type_epithete LIKE {$p['mots']} ".
" OR epithete_infra_sp LIKE {$p['mots']} ".
" OR cultivar_groupe LIKE {$p['mots']} ".
" OR cultivar LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_commercial LIKE {$p['mots']} ".
" OR auteur LIKE {$p['mots']} ".
" OR annee LIKE {$p['mots']} ".
" OR biblio_origine LIKE {$p['mots']} ".
" OR notes LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_addendum LIKE {$p['mots']} ".
" OR homonyme LIKE {$p['mots']} ".
" OR basionyme LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_proparte LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_douteux LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_mal_applique LIKE {$p['mots']} ".
" OR synonyme_orthographique LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_01 LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_01_notes LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_02 LIKE {$p['mots']} ".
" OR hybride_parent_02_notes LIKE {$p['mots']} ".
" OR nom_francais LIKE {$p['mots']} ".
" OR presence LIKE {$p['mots']} ".
" OR statut_origine LIKE {$p['mots']} ".
" OR statut_introduction LIKE {$p['mots']} ".
" OR statut_culture LIKE {$p['mots']} ".
') ';
}
}
if (isset($p['sg'])) {
$where .= "AND nom_supra_generique LIKE {$p['sg']} ";
}
if (isset($p['gen'])) {
$where .= "AND genre LIKE ({$p['gen']}) ";
}
if (isset($p['sp'])) {
$where .= "AND epithete_sp LIKE {$p['sp']} ";
}
if (isset($p['ssp'])) {
$where .= "AND epithete_infra_sp LIKE {$p['ssp']} ";
}
if (isset($p['au'])) {
$where .= "AND auteur LIKE {$p['au']} ";
}
if (isset($p['an'])) {
$where .= "AND annee LIKE ({$p['an']}) ";
}
if (isset($p['nn'])) {
$where .= "AND num_nom IN ({$p['nn']}) ";
}
if (isset($p['bib'])) {
$where .= "AND biblio_origine LIKE ({$p['bib']}) ";
}
if (isset($p['nr']) && $p['nr'] == true) {
$where .= "AND num_nom_retenu = num_nom ";
}
if (isset($p['pre']) && $p['pre'] == true) {
$where .= "AND presence NOT IN ('A', '') ";
} elseif(isset($p['pre']) && $p['pre'] != true) {
$where .= "AND presence IN ('A', '') ";
}
if (isset($p['taxref'])) {
$where .= "AND exclure_taxref =";
$where .= ($p['taxref'] == true) ? " 0 " : " 1 ";
}
if (isset($p['rg'])) {
$where .= "AND rang = $p[rg] ";
}
$where = str_replace('WHERE AND', ' WHERE ', $where);
// Retour du Where associé
if (count($p) == 0) {
$where = "";
}
return $where;
}
}
?>