Subversion Repositories Applications.referentiel

<?php
/**
 * Service fournissant des données de la table contenant le référentiel de travail.
 * Encodage en entrée : utf8
 * Encodage en sortie : utf8
 *
 * @category    Php 5.2
 * @package             Referentiel
 * @author              Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
 * @license             GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
 * @license             CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
 * @copyright   2010 Tela-Botanica
 * @version             $Id$
 */
class Referentiel extends Ref {
        
        /**
         * Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
         */
        public function getElement($params_url = array()) {
                // Initialisation des variables
                $info = array();
                                
                // Nour recherchons le type de requête demandé
                $p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
                extract($p);
                
                if (!is_null($type)) {
                        $methode = 'getElement'.$type;
                        if (method_exists($this, $methode)) {
                                array_shift($params_url);
                                $info = $this->$methode($params_url);
                        } else {
                                $this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
                        }
                } else {
                        $this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
                }
                
                // Envoie sur la sortie standard
                $this->envoyer($info);
        }
        
        /* Méthode pour récupérer les infos sur les référentiels disponibles
        * Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
        * /RefReferentiel/tout/code_du_referentiel
        */
        public function getElementDispo($params_url) {
                $requete =      'SHOW TABLES ';
                $donnees = false;
                
                // Récupération des résultats
                try {
                        $tables = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, 0);
                        if ($tables !== false) {
                                foreach ($tables as $table) {
                                        if (preg_match('/^([a-z]+)_meta$/', $table, $match)) {
                                                $donnees[] = $match[1];
                                        }
                                }
                        } else {
                                $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
                        }
                } catch (PDOException $e) {
                        $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
                }
                return $donnees;
        }
        
        
        
        /* Méthode pour récupérer les noms d'un référentiel.
        * Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
        * /Referentiel/tout/code_du_referentiel?start=0&limit=1000
        */
        public function getElementTout($params_url) {
                $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
                extract($p);
                
                $donnees = false;
                if (!is_null($projet)) {
                        $requete =      ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
                                                "FROM $projet ".
                                                'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby  : 'num_nom ASC').' '.
                                                "LIMIT $this->start, $this->limit ";
                        $this->debug[] = $requete;
                        // Récupération des résultats
                        try {
                                $donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
                                if ($donnees === false) {
                                        $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
                                } else {
                                        $donnees_tmp = $donnees;
                                        $donnees = array();
                                        foreach ($donnees_tmp as &$nom) {
                                                $donnees[$nom['num_nom']] = $nom;
                                                unset($nom);
                                        }
                                }
                        } catch (PDOException $e) {
                                $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
                        }
                } else {
                        $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
                }
                return $donnees;
        }
        
        /* Méthode pour récupérer le nombre de noms présents dans un référentiel.
        * Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
        * /RefReferentiel/nombre/code_du_referentiel
        */
        public function getElementNombre($params_url) {
                $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
                extract($p);
                
                $nbre = false;
                if (!is_null($projet)) {
                        $requete =      'SELECT COUNT(*) AS nbre '.
                                                "FROM $projet ";
                        // Récupération des résultats
                        try {
                                $nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
                                if ($nbre === false) {
                                        $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
                                }
                        } catch (PDOException $e) {
                                $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
                        }
                } else {
                        $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
                }
                return $nbre;
        }
        
        /* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
        * Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
        * /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
        */
        public function getElementNom($params_url) {
                $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
                extract($p);
                
                $nom = false;
                if (!is_null($projet)) {
                        $requete =      "SELECT titre FROM {$projet}_meta WHERE id_meta = (SELECT MAX(id_meta) FROM {$projet}_meta);";
                        // Récupération des résultats
                        try {
                                $nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
                                if ($nom === false) {
                                        $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
                                }
                        } catch (PDOException $e) {
                                $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
                        }
                } else {
                        $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
                }
                return $nom;
        }
        
        
        /* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
         * Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
        * /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
        */
        public function getElementDateMiseAJour($params_url) {
                $p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
                extract($p);
        
                $nom = false;
                if (!is_null($projet)) {
                        $requete =      'SELECT UPDATE_TIME '.
                                                'FROM   information_schema.tables '.
                                                'WHERE  TABLE_SCHEMA = \'referentiels\' '.
                                                'AND TABLE_NAME = \''.$projet.'\'';
                        // Récupération des résultats
                        try {
                                $nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
                                if ($nom === false) {
                                        $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
                                }
                        } catch (PDOException $e) {
                                $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
                        }
                } else {
                        $this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
                }
                return $nom;
        }
        
        
        /* Méthode pour récupérer certains champs et noms pour l'export
        * Appelée avec les paramètres d'url suivant :
        * /Recherche/Export/_
        * ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, version, champs, filtre
        * Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
        */
        public function getElementExport($param) {
                // Initialisation des variables
                $info = array();
                $p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version","champs","filtre"), $param, false);
                $ref = $p['ref'].'_v'.$p['version'];
                $racine_tmp = $this->config['chemins']['chemin_tmp'];
                $dossier = $racine_tmp.date('Y_m_d').'/';
                if(!is_dir($dossier)){
                        mkdir($dossier);
                        chmod($dossier, 0777);
                }
                $fichier = $dossier.$ref."_".time().'.csv'; 
                if (isset($p['champs'])) {
                        $champs = $this->formaterColonnes($p['champs'], $ref);          
                        $requete = 'SELECT "'.implode('","', $champs['titre']).'" UNION (SELECT '.implode(', ',$champs['select']).
                                " INTO OUTFILE '".$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' ". 
                        " FROM $ref a left join $ref b on b.num_nom=a.num_nom_retenu";
        
                        if (isset($p['filtre']) && $p['filtre'] != "*") {
                                $param_filtres = explode(",",$p["filtre"]);
                                $dernier_filtre = array_pop($param_filtres);
                                $filtres = array("nnr"=>"a.num_nom = a.num_nom_retenu", "pre" => "a.presence = 'P'");
                                if (!isset($filtres[$dernier_filtre])) { // si il s'agit du filtre famille
                                        $filtres["fam"] = "a.famille = '".$dernier_filtre."'";
                                        $dernier_filtre = "fam";
                                }
                                array_push($param_filtres, $dernier_filtre);
                                $requete .= " WHERE ".implode(" AND ",array_intersect_key($filtres, array_flip($param_filtres)));
                        }
                        $requete .= ")";
                        // Récupération des résultats
                        try {
                                $donnees = $this->bdd->query($requete);
                                if ($donnees === false) {
                                        $this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
                                } else {
                                        $info = $donnees;
                                }
                        } catch (PDOException $e) {
                                $this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
                        }
                }
        
                return $fichier;
        }
        
        private function formaterColonnes($colonnes, $ref) {
                $colonnesOrdonnees = array("nn" => array("a.num_nom", "num_nom", "Numéro nomenclatural"),
                                                                "nr" => array("a.num_nom_retenu", "num_nom_retenu", "Numéro nomenclatural du nom retenu"),
                                                                "nt" => array("a.num_taxonomique", "num_taxonomique", "Numéro taxonomique"),
                                                                "cd" => array("a.cd_nom", "cd_nom", "Numéro INPN"),
                                                                "rg" => array("a.rang", "rang", "Code rang"),
                                                                "fam" => array("a.famille", "famille", "Famille (APG III)"),
                                                                "nsc" => array("concat(a.nom_sci,' ',a.auteur)", "nom_sci", "Nom avec auteur"),
                                                                "bibc" => array("concat(a.annee,' ',a.biblio_origine)", "annee", "Année et bibliographie"),
                                                                "nsrc" => array("concat(b.nom_sci,' ',b.auteur) as nom_sci_retenu_complet", "auteur", "Nom retenu avec auteur"),
                                                                "nf" => array("a.nom_francais", "nom_francais", "Nom français normalisé"),
                                                                "extax" => array("if (a.exclure_taxref = 1, 0, 1)", "exclure_taxref", "Présent dans Taxref"),
                                                                "lien" => array("concat('http://www.tela-botanica.org/bdtfx-nn-',a.num_nom)", "num_nom", "Permalien"),
                                                                "ntsup" => array("a.num_tax_sup", "num_tax_sup", "Numéro nomenclatural rang supérieur"),
                                                                "pre" => array("a.presence", "presence", "Répartition géographique"),
                                                                "ns" => array("a.nom_sci", "nom_sci", "Nom sans auteur"),
                                                                "aut" => array("a.auteur", "auteur", "Auteur"),
                                                                "ann" => array("a.annee", "annee", "Année publication"),
                                                                "bib" => array("a.biblio_origine", "biblio_origine", "Bibliographie"),
                                                                "ntype" => array("a.num_type", "num_type", "Numéro du type"),
                                                                "nbas" => array("a.num_basionyme", "num_basionyme", "Numéro du basionyme"),
                                                                "genre" => array("a.genre", "genre", "Genre"),
                                                                "esp" => array("a.epithete_sp", "epithete_sp", "Epithète espèce"),
                                                                "eing" => array("a.epithete_infra_generique", "epithete_infra_generique", "Epithète infragénérique"),
                                                                "te" => array("a.type_epithete", "type_epithete", "Type d'épithète infraspécifique"),
                                                                "einsp" => array("a.epithete_infra_sp", "epithete_infra_sp", "Epithète infraspécifique"),
                                                                "hybp01" => array("a.hybride_parent_01", "hybride_parent_01", "Hybride parent 1"),
                                                                "nomsupgen" => array("a.nom_supra_generique", "nom_supra_generique", "Nom supra générique"),
                                                                "hybp02" => array("a.hybride_parent_02", "hybride_parent_02", "Hybride parent 2"),
                                                                "stori" => array("a.statut_origine", "statut_origine", "Statut d'origine"),
                                                                "stint" => array("a.statut_introduction", "statut_introduction", "Statut d'introduction"),
                                                                "stcult" => array("a.statut_culture", "statut_culture", "Statut de culture"),
                                                                "notes" => array("a.notes", "notes", "Remarques"),
                                                                "nomadd" => array("a.nom_addendum", "nom_addendum", "Commentaires nomenclaturaux"),
                                                                "nsr" => array("b.nom_sci as nom_sci_retenu", "nom_sci", "Nom retenu sans auteur"),
                                                                "hom" => array("a.homonyme", "homonyme", "Homonymie"),
                                                                "synprop" => array("a.synonyme_proparte", "synonyme_proparte", "Synonyme proprate"),
                                                                "syndout" => array("a.synonyme_douteux", "synonyme_douteux", "Synonyme douteux"),
                                                                "synmapp" => array("a.synonyme_mal_applique", "synonyme_mal_applique", "Synonyme mal appliqué"),
                                                                "synorth" => array("a.synonyme_orthographique", "synonyme_orthographique", "Synonyme orthographique"),
                                                                "orthori" => array("a.orthographe_originelle", "orthographe_originelle", "Orthographe originelle"),
                                                                "hybp01n" => array("a.hybride_parent_01_notes", "hybride_parent_01_notes", "Hybride parent 1 notes"),
                                                                "hybp02n" => array("a.hybride_parent_02_notes", "hybride_parent_02_notes", "Hybride parent 2 notes"),
                                                                "cultgp" => array("a.cultivar_groupe", "cultivar_groupe", "Groupe de cultivar"),
                                                                "cult" => array("a.cultivar", "cultivar", "Nom cultivar"),
                                                                "nomcomm" => array("a.nom_commercial", "nom_commercial", "Nom commercial"),
                                                                "autres" => array("a.*", "*", "Autres"));
                $colonnes = explode(",", $colonnes);
                $requete = "SHOW COLUMNS FROM $ref";
                $colonnesTable = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, "Field");
                foreach ($colonnes as $colonne) {
                        if ($colonne == "autres") {
                                foreach ($colonnesOrdonnees as $colOrd) {
                                        $test[] = $colOrd[1];
                                }
                                $colonneAutres = array_diff($colonnesTable, $test);
                                $champs['select'] = array_merge($champs['select'], array_map(array($this, 'ajouterIndexTable'), $colonneAutres));
                                $champs['titre'] = array_merge($champs['titre'], array_map(array($this, 'ajouterAutresTable'), $colonneAutres));
                        } else {
                                if (array_search($colonnesOrdonnees[$colonne][1], $colonnesTable) != false) {
                                        $champs['select'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][0];
                                        $champs['titre'][] = $colonnesOrdonnees[$colonne][2];
                                }
                        }
                }
                return $champs;
        }
        
        private function ajouterIndexTable($valeur) {
                return 'a.'.$valeur;
        }
        private function ajouterAutresTable($valeur) {
                return 'Autres : '.$valeur;
        }
        
        /**
        * Méthode principale appelée avec une requête de type POST.
        */
        public function updateElement($params_url, $params_post) {
                // Initialisation des variables
                $info = array();
                // Nour recherchons le type de requête demandé
                extract($this->traiterParametresUrl(array('action'), $params_url, true));
                extract($this->traiterParametresPost(array('referentiel'), $params_post, true));
                extract($this->traiterParametresPost(array('noms'), $params_post, false));
                $referentiel =trim($referentiel, "'");
                
                if (!is_null($referentiel)) {$action =trim($action, "'");
                        if (!is_null($action)) {
                                $methode = 'updateElement'.$action;
                                if (method_exists($this, $methode)) {
                                        //array_shift($param);
                                        $info = $this->$methode($referentiel, $noms);
                                } else {
                                        $this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible.";
                                }
                        } else {
                                $this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire.";
                                // TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post);
                        }
                } else {
                        $this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url.";
                }
        
                // Envoie sur la sortie standard
                $this->envoyer($info);
        }
        
        private function getElementTablePrChpFamille($referentiel) {
                $infos = "";$referentiel = $referentiel[0];
                $requete = "SHOW COLUMNS FROM {$referentiel} LIKE 'famille' ";
                $resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch(); 
                if ($resultat === false) {
                        $requete =      "ALTER TABLE {$referentiel} ".
                                                'ADD famille VARCHAR(50) '.
                                                'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT "" ';
                        $this->bdd->exec($requete);
                }
                $requeteInfos = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
                                                                "FROM {$referentiel} ".
                                                                "WHERE rang >= 180 ".
                                                                "ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
                $infos = $this->bdd->query($requeteInfos)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
                return $infos;
                
        }
        
        
        private function updateElementChpFamille($referentiel, $noms) {
                foreach ($noms as $id => $famille) {
                        $requete = "UPDATE {$referentiel} SET famille = '$famille' WHERE num_nom = $id ";
                        $resultat = $this->bdd->query($requete);
                        if ($resultat === false) {
                                $this->messages[] = "Erreur d'insertion pour le tuple $id";
                        }
                }
        }
        
}
?>