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<?php
/**
* Service fournissant des données de la table contenant le référentiel de travail.
* Encodage en entrée : utf8
* Encodage en sortie : utf8
*
* @category Php 5.2
* @package Referentiel
* @author Jean-Pascal MILCENT <jpm@tela-botanica.org>
* @license GPL v3 <http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt>
* @license CECILL v2 <http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2-en.txt>
* @copyright 2010 Tela-Botanica
* @version $Id$
*/
class Referentiel extends Ref {
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type GET.
*/
public function getElement($params_url = array()) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
$p = $this->traiterParametresUrl(array('type'), $params_url, false);
extract($p);
if (!is_null($type)) {
$methode = 'getElement'.$type;
if (method_exists($this, $methode)) {
array_shift($params_url);
$info = $this->$methode($params_url);
} else {
$this->messages[] = "Le type d'information demandé '$type' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de requête.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
/* Méthode pour récupérer les infos sur les référentiels disponibles
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/tout/code_du_referentiel
*/
public function getElementDispo($params_url) {
$requete = 'SHOW TABLES ';
$donnees = false;
// Récupération des résultats
try {
$tables = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_COLUMN, 0);
if ($tables !== false) {
foreach ($tables as $table) {
if (preg_match('/^([a-z]+)_meta$/', $table, $match)) {
$donnees[] = $match[1];
}
}
} else {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
return $donnees;
}
/* Méthode pour récupérer les noms d'un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /Referentiel/tout/code_du_referentiel?start=0&limit=1000
*/
public function getElementTout($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$donnees = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = ($this->distinct ? 'SELECT DISTINCT' : 'SELECT').' * '.
"FROM $projet ".
'ORDER BY '.((!is_null($this->orderby)) ? $this->orderby : 'num_nom ASC').' '.
"LIMIT $this->start, $this->limit ";
$this->debug[] = $requete;
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
} else {
$donnees_tmp = $donnees;
$donnees = array();
foreach ($donnees_tmp as &$nom) {
$donnees[$nom['num_nom']] = $nom;
unset($nom);
}
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $donnees;
}
/* Méthode pour récupérer le nombre de noms présents dans un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/nombre/code_du_referentiel
*/
public function getElementNombre($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$nbre = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = 'SELECT COUNT(*) AS nbre '.
"FROM $projet ";
// Récupération des résultats
try {
$nbre = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($nbre === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $nbre;
}
/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
*/
public function getElementNom($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$nom = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = "SELECT titre FROM {$projet}_meta WHERE id_meta = (SELECT MAX(id_meta) FROM {$projet}_meta);";
// Récupération des résultats
try {
$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($nom === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $nom;
}
/* Méthode pour récupérer le titre d'un référentiel.
* Appelée avec les paramêtres d'url suivant :
* /RefReferentiel/nom/code_du_referentiel
*/
public function getElementDateMiseAJour($params_url) {
$p = $this->traiterParametresUrl(array('projet'), $params_url, false);
extract($p);
$nom = false;
if (!is_null($projet)) {
$requete = 'SELECT UPDATE_TIME '.
'FROM information_schema.tables '.
'WHERE TABLE_SCHEMA = \'referentiels\' '.
'AND TABLE_NAME = \''.$projet.'\'';
// Récupération des résultats
try {
$nom = $this->bdd->query($requete)->fetchColumn();
if ($nom === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat.";
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage());
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le nom de code du projet comme second paramêtre (ex. : bdnff).";
}
return $nom;
}
/* Méthode pour récupérer certains champs et noms pour l'export
* Appelée avec les paramètres d'url suivant :
* /Recherche/Export/_
* ou les _ représentent dans l'ordre : référentiel, version, champs, filtre
* Si un des paramètres est absent, il prendre la valeur *
*/
public function getElementExport($param) {
$colonnesOrdonnees = array("nn" => array("a.num_nom", "Numéro nomenclatural"),
"nr" => array("a.num_nom_retenu", "Numéro nomenclatural du nom retenu"),
"nt" => array("a.num_taxonomique", "Numéro taxonomique"),
"cd" => array("a.cd_ref", "Numéro INPN"),
"rg" => array("a.rang", "Code rang"),
"fam" => array("a.famille", "Famille (APG III)"),
"nsc" => array("concat(a.nom_sci,' ',a.auteur)", "Nom avec auteur"),
"bibc" => array("concat(a.annee,' ',a.biblio_origine)", "Année et bibliographie"),
"nsrc" => array("concat(b.nom_sci,' ',b.auteur) as nom_sci_retenu_complet", "Nom retenu avec auteur"),
"nf" => array("a.nom_francais", "Nom français normalisé"),
"extax" => array("if (a.exclure_taxref = 1, 0, 1)", "Présent dans Taxref"),
"lien" => array("concat('http://www.tela-botanica.org/bdtfx-nn-',a.num_nom)", "Permalien"),
"ntsup" => array("a.num_tax_sup", "Numéro nomenclatural rang supérieur"),
"pre" => array("a.presence", "Répartition géographique"),
"ns" => array("a.nom_sci", "Nom sans auteur"),
"aut" => array("a.auteur", "Auteur"),
"ann" => array("a.annee", "Année publication"),
"bib" => array("a.biblio_origine", "Bibliographie"),
"ntype" => array("a.num_type", "Numéro du type"),
"nbas" => array("a.num_basionyme", "Numéro du basionyme"),
"genre" => array("a.genre", "Genre"),
"esp" => array("a.epithete_sp", "Epithète espèce"),
"eing" => array("a.epithete_infra_generique", "Epithète infragénérique"),
"te" => array("a.type_epithete", "Type d'épithète infraspécifique"),
"einsp" => array("a.epithete_infra_sp", "Epithète infraspécifique"),
"hybp01" => array("a.hybride_parent_01", "Hybride parent 1"),
"nomsupgen" => array("a.nom_supra_generique", "Nom supra générique"),
"hybp02" => array("a.hybride_parent_02", "Hybride parent 2"),
"stori" => array("a.statut_origine", "Statut d'origine"),
"stint" => array("a.statut_introduction", "Statut d'introduction"),
"stcult" => array("a.statut_culture", "Statut de culture"),
"notes" => array("a.notes", "Remarques"),
"nomadd" => array("a.nom_addendum", "Commentaires nomenclaturaux"),
"nsr" => array("b.nom_sci as nom_sci_retenu", "Nom retenu sans auteur"),
"hom" => array("a.homonyme", "Homonymie"),
"synprop" => array("a.synonyme_proparte", "Synonyme proprate"),
"syndout" => array("a.synonyme_douteux", "Synonyme douteux"),
"synmapp" => array("a.synonyme_mal_applique", "Synonyme mal appliqué"),
"synorth" => array("a.synonyme_orthographique", "Synonyme orthographique"),
"orthori" => array("a.orthographe_originelle", "Orthographe originelle"),
"hybp01n" => array("a.hybride_parent_01_notes", "Hybride parent 1 notes"),
"hybp02n" => array("a.hybride_parent_02_notes", "Hybride parent 2 notes"),
"cultgp" => array("a.cultivar_groupe", "Groupe de cultivar"),
"cult" => array("a.cultivar", "Nom cultivar"),
"nomcomm" => array("a.nom_commercial", "Nom commercial"),
"autres" => array("a.*", "Autres"));
// Initialisation des variables
$info = array();
$p = $this->traiterParametresUrl(array("ref","version","champs","filtre"), $param, false);
$ref = $p['ref'].'_v'.$p['version'];
$dossier = '/home/delphine/tmp/'.date('Y_m_d').'/';
if(!is_dir($dossier)){
mkdir($dossier);
}
$fichier = $dossier.$ref."_".time().'.csv'; // à mettre en config
$colonnes = explode(",", $p['champs']);
// recuperer colonne du ref pour vérifier que ces colonnes soient présentes + comptait nb colonnes pr autres
foreach ($colonnes as $colonne) {
$champs[] = $colonnesOrdonnees[$colonne][0];
$nom_champs[] = $colonnesOrdonnees[$colonne][1];
}
$requete = 'SELECT "'.implode('","', $nom_champs).'" UNION (SELECT '.implode(', ',$champs).
" INTO OUTFILE '".$fichier."' CHARACTER SET utf8 FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '' LINES TERMINATED BY '\n' ".
" FROM $ref a left join $ref b on b.num_nom=a.num_nom_retenu";
if (isset($p['filtre']) && $p['filtre'] != "*") {
$param_filtres = explode(",",$p["filtre"]);
$dernier_filtre = array_pop($param_filtres);
$filtres = array("nnr"=>"a.num_nom = a.num_nom_retenu", "pre" => "a.presence = 'P'");
if (!isset($filtres[$dernier_filtre])) { // si il s'agit du filtre famille
$filtres["fam"] = "a.famille = '".$dernier_filtre."'";
$dernier_filtre = "fam";
}
array_push($param_filtres, $dernier_filtre);
$requete .= " WHERE ".implode(" AND ",array_intersect_key($filtres, array_flip($param_filtres)));
}
$requete .= ")";
// Récupération des résultats
try {
$donnees = $this->bdd->query($requete);
if ($donnees === false) {
$this->messages[] = "La requête a retourné aucun résultat : $requete";
} else {
$info = $donnees;
}
} catch (PDOException $e) {
$this->messages[] = sprintf($this->getTxt('sql_erreur'), $e->getFile(), $e->getLine(), $e->getMessage()).$requete;
}
return $fichier;
}
/**
* Méthode principale appelée avec une requête de type POST.
*/
public function updateElement($params_url, $params_post) {
// Initialisation des variables
$info = array();
// Nour recherchons le type de requête demandé
extract($this->traiterParametresUrl(array('action'), $params_url, true));
extract($this->traiterParametresPost(array('referentiel'), $params_post, true));
extract($this->traiterParametresPost(array('noms'), $params_post, false));
$referentiel =trim($referentiel, "'");
if (!is_null($referentiel)) {$action =trim($action, "'");
if (!is_null($action)) {
$methode = 'updateElement'.$action;
if (method_exists($this, $methode)) {
//array_shift($param);
$info = $this->$methode($referentiel, $noms);
} else {
$this->messages[] = "Le type de mise à jour demandé '$action' n'est pas disponible.";
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser le type de mise à jour à faire.";
// TODO : coder une mise à jour générique dans une méthode updateElementDefaut($id, $params_post);
}
} else {
$this->messages[] = "Veuillez préciser l'id du traitement comme premier paramêtre dans l'url.";
}
// Envoie sur la sortie standard
$this->envoyer($info);
}
private function getElementTablePrChpFamille($referentiel) {
$infos = "";$referentiel = $referentiel[0];
$requete = "SHOW COLUMNS FROM {$referentiel} LIKE 'famille' ";
$resultat = $this->bdd->query($requete)->fetch();
if ($resultat === false) {
$requete = "ALTER TABLE {$referentiel} ".
'ADD famille VARCHAR(50) '.
'CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NULL DEFAULT "" ';
$this->bdd->exec($requete);
}
$requeteInfos = 'SELECT num_nom, num_nom_retenu, num_tax_sup, rang, nom_sci '.
"FROM {$referentiel} ".
"WHERE rang >= 180 ".
"ORDER BY rang ASC, num_tax_sup ASC, num_nom_retenu DESC ";
$infos = $this->bdd->query($requeteInfos)->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
return $infos;
}
private function updateElementChpFamille($referentiel, $noms) {
foreach ($noms as $id => $famille) {
$requete = "UPDATE {$referentiel} SET famille = '$famille' WHERE num_nom = $id ";
$resultat = $this->bdd->query($requete);
if ($resultat === false) {
$this->messages[] = "Erreur d'insertion pour le tuple $id";
}
}
}
}
?>