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Age |
Author |
Path |
Log message |
Diff |
| 797 |
3923 d 18 h |
raphael |
/trunk/services/ |
config: substitution des directives de configuration `cache.*` par `cache_*`
Commande effectuée:
$ sed -i -r \
-e 's/cache\.(stockageChemin|miseEnCache|dureeDeVie)/cache_\1/' \
-e "s/\$this->config\['cache'\]\['(stockageChemin|miseEnCache|dureeDeVie)'\]/\$this->config['cache_\1']/" \
$(egrep -rl 'cache.*(miseEnCache|dureeDeVie|stockageChemin)') |
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| 795 |
3923 d 19 h |
raphael |
/trunk/services/ |
config: substitution de cache.stockageChemin par cache_stockageChemin car
framework::Config() ne sait pas traiter une variable dotée d'un point dont
la partie gauche ne représente pas une section d'un fichier .ini.
Commande effectuée:
$ sed -i \
-e 's/cache.stockageChemin/cache_stockageChemin/' \
-e "s/\$this->config['cache']['stockageChemin']/\$this->config['cache_stockageChemin']/" \
configurations/* modules/0.1/*/*/*.php modules/0.1/eflore/Cartes.php tests/0.1/baseflor/GraphiquesBaseflorTest.php |
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| 794 |
3924 d 12 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/ |
projets/tests: correction d'une régression de r791: les segments d'URL supplémentaires n'étaient pas pris en compte |
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| 792 |
3924 d 13 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/ |
typo: francisation |
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| 791 |
3924 d 13 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/ |
projets/tests: workaround autour du fait qu'on cherche à utiliser parfois simultanément
plusieurs classes distinctes utilisant le même nom sans namespace (PHP-5.2)... no comment
testsuite "services": 13 échecs |
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| 788 |
3925 d 13 h |
raphael |
/trunk/services/ |
webservices: fix des tests sur baseflor/informations (paramètres depart/limite) |
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| 787 |
3925 d 13 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/eflore/ |
cartes: fix pour les dates d'observations nulles, le nom de colonne "nom" pour tb_cel.cel_zones_geo et l'omission de certains paramètres au webservice |
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| 784 |
3925 d 15 h |
raphael |
/trunk/services/ |
webservices: actualisation de plusieurs tests (chorodep/nvjfl/bdtfx) |
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| 783 |
3925 d 16 h |
raphael |
/trunk/services/ |
webservices: actualisation de plusieurs tests (ontologies/baseflor) |
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| 770 |
3946 d 12 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/bdtfx/ |
bdtfx/taxons: tentative manquée d'amélioration de l'API: retourner le nom_retenu_complet, sans faire appel aux ontologies (ie: retour.format=min), utile pour la détermination du Cel |
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| 768 |
3946 d 16 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/ |
ontologies/sptb: correction de notices + traçage des requête mysql + compat PHP-5.2 |
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| 767 |
3946 d 18 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/ |
services: ajout de debug aux requêtes SQL + correction d'un masque pour le service de noms bdtxa |
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| 766 |
3952 d 19 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/baseveg/syntaxons/ |
syntaxon: fix d'une notice, Commun->traiterResultat() attend 2 arguments |
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| 765 |
3952 d 19 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/ |
ontologies: follow-up r759 et r762: utilisation de Bdd::MODE_OBJET pour le fetch PDO [dépend de la r429 du Framework] |
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| 764 |
3952 d 19 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/baseflor/ |
ontologies: suppression de l'appel au webservice des ontologies baseflor (InformationsBaseflor) par une requête SQL directe hyper-simplifiée [dépend de la r429 du Framework] |
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| 763 |
3952 d 20 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/baseflor/ |
ontologies: suppression de l'appel au webservice des ontologies baseflor (CommunGraphiques) par une requête SQL directe hyper-simplifiée [dépend de la r429 du Framework] |
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| 762 |
3952 d 21 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/baseflor/ |
ontologies: suppression de l'appel au webservice des ontologies baseflor (InformationsTaxonsSup) par une requête SQL directe hyper-simplifiée |
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| 761 |
3952 d 21 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/baseflor/ |
baseflor: gestion d'erreur: reformulations/typo mineures |
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| 759 |
3953 d 13 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/bdtfx/ |
ontologies: suppression de l'appel au webservice des ontologies "communes" par une requête SQL directe hyper-simplifiée |
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| 758 |
3954 d 12 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/commun/ |
ontologies communes: correction de 2 notices PHP dans le cas de l'absence de passage de
masque et de retour_champs.
Ex: /service:eflore:0.1/bdnt/ontologies/rangTaxo:220/nom |
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| 751 |
3959 d 19 h |
alex |
/trunk/services/modules/0.1/moissonnage/cartes/ |
Correction bug sur requete SQL |
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| 750 |
3959 d 19 h |
alex |
/trunk/services/modules/0.1/moissonnage/cartes/ |
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| 747 |
3959 d 20 h |
alex |
/trunk/services/modules/0.1/moissonnage/ |
Mise à jour du web service de moissonnage generant les cartes SVG de repartition des observations pour e-Flore.
Ajout de commentaires dans les classes |
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| 743 |
3960 d 14 h |
alex |
/trunk/services/modules/0.1/nasa-srtm/ |
Mise à jour de la classe altitude : correction des paramètres acceptés par le web service et ajout d'un cartouche de commentaire en début de code. |
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| 742 |
3960 d 14 h |
alex |
/trunk/services/modules/0.1/ |
Renommage service altitude. Le nouveau nom du web service est maintenant nasa-srtm (pour être plus en adéquation avec les ressources utilisées que sont les fichiers HGT du modèle SRTM de la NASA) |
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| 740 |
3964 d 14 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/bdtfx/ |
service noms: debug ajout de __FILE__ comme commentaire suffixé aux requêtes
afin de faciliter l'identification des appels en cas d'activation du general_log MySQL. |
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| 736 |
3966 d 20 h |
alex |
/trunk/services/ |
Ajout d'un nouveau web service altitude qui calcule l'altitude pour un point dont on passe les coordonnees longitude/latitude dans les parametres de l'URL.
Dans le dossier présentations, ajout d'un dossier SRTM contenant les fichiers MNT par secteurs de 1*1 degré, décrivant l'altitude d'échantillons de points situés tous les 90 m |
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| 735 |
3973 d 19 h |
alex |
/trunk/services/modules/0.1/moissonnage/cartes/ |
Correction bug sur les requêtes de récupération des stations pour un genre donné |
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| 734 |
3978 d 16 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/nvjfl/ |
nom-vernaculaires: support de requêtes multi-critères pour NVJFL, côté client: ACTIVATION
Ce commit active la recherche d'ontologie par multi-critères
pour le web-service de nom vernaculaire JFL.
Un define(), nécessaire mais malheureusement précédemment omis, a été rajouté. |
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| 733 |
3978 d 16 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/commun/ |
ontologies: support de requêtes multi-critères pour les ontologies (partie 2/2).
Lorsque des ontologies sont demandées, celles-ci peuvent désormais être regroupées
au sein d'une même requête.
La modification, portée à Commun/Ontologie.php affecte donc les web-services n'ayant *pas*
redéfini leur classe d'accès aux ontologies, c'est à dire (au 28/06/2013):
* nvjfl
* bdnt
Exemple:
Avant, 3 requêtes:
/service:eflore:0.1/nvjfl/ontologies/numStatut:1
/service:eflore:0.1/nvjfl/ontologies/numStatut:2
/service:eflore:0.1/nvjfl/ontologies/genreNombre:10
Après, 1 requête:
/service:eflore:0.1/nvjfl/ontologies/numStatus:1,numStatus:2,genreNombre:10
Dans le seul cas d'une requête multi-critères le format de retour du web-service
a été modifié: Un ensemble de clef-valeurs est retourné dans lequel chaque clef
représente le nom d'un des critères demandés.
Si un critère ne correspond à rien dans la BDD, celui-ci est absent de l'ensemble retourné.
$ ddiff \
<(GET "http://eflore/$i"|json_pp) \
<(GET "http://www.tela-botanica.org/$i"|json_pp)
# service:eflore:0.1/nvjfl/noms-vernaculaires/attributions?masque.nt=1382&masque.lg=fra&retour.champs=conseil_emploi
# 2 appels d'ontologies nvjfl, résultat identique
# service:eflore:0.1/bdtxa/taxons/13517/relations/inferieurs
# 1 appel d'ontologie bdnt/nom, résultat identique
$ diff \
<(GET http://eflore/service:eflore:0.1/bdnt/ontologies/rangTaxo:70|json_pp) \
<(GET http://eflore/service:eflore:0.1/bdnt/ontologies/rangTaxo:70,rangTaxo:-1|json_pp) \
|grep -v rangTaxo:70
# même résultat (-1 n'existe pas)
Le comparatif suivant provient de l'étude de la requête suivante,
représentative d'une recherche de nom commun (cf: Cel/export XLS):
"/service:eflore:0.1/nvjfl/noms-vernaculaires/attributions?masque.nt=1382&masque.lg=fra&retour.champs=conseil_emploi"
Avant Après
Requêtes HTTP 3 2
Connexions SQL 4 3
SELECT 15 10
Temps sur 300 (*) 1m36 1m30
(*) $ time \
mysql -N tb_eflore<<<"SELECT num_taxonomique FROM bdtfx_v1_01 WHERE num_nom = num_nom_retenu ORDER BY ORD(SUBSTRING(nom_sci, 4, 1)) LIMIT 300;" | \
xargs -i -t -n 1 curl -so /dev/null "http://eflore/service:eflore:0.1/nvjfl/noms-vernaculaires/attributions?masque.nt={}&masque.lg=fra&retour.champs=conseil_emploi";
Le faible différentiel de temps observable s'explique partiellement par le fait que toutes les recherches de nom vernaculaire
n'aboutissent pas systématiquement à l'émission de plusieurs requêtes d'ontologie.
Le différentiel n'en reste pas moins décevant. |
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| 732 |
3978 d 16 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/commun/ |
ontologies communes: fix cosmétiques.
1° usage du paramètre retour.champs qui n'était pas utilisé jusqu'ici et n'aurait
pas pu être utilisé dans le cas d'un retour.format différent de "max".
2° ajout d'un commentaire relatif aux SELECT imbriqués actuellement utilisés et
auxquel une série de JOIN serait à préférer.
3° clarification de formaterOntologiesId()
4° réécriture et renommage afficherDonnees() en calculerClassID().
Une variable est passée par référence en paramètre de la fonction et
les conditions imbriquées sont remplacées par des return rapides.
La gestion des champs demandés est améliorée. |
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| 731 |
3979 d 11 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/nvjfl/ |
nom-vernaculaires: support de requêtes multi-critères pour NVJFL, côté client (partie 1).
Lorsque des données ontologiques propres à la base NVJFL sont nécessaires, celles-ci sont
chargée en une seule fois en tirant parti des requête ontologiques multi-critères.
ATTENTION: le code effectif est encore désactivé (par un if(FALSE...))
car le commit correspondant dans la classe d'ontologie NVJFL n'est pas encore présent.
(partie 2, cf: services/modules/0.1/commun/Ontologies.php)
Le fonctionnement est le suivant:
1) NvjflOntologieIndex()
Concaténer tous les critères nécessaires, exemple: numStatut:1,numStatut:2,...
et faire un lien entre d'une part
* un tableau temporaire associant requête et résultat
et d'autre part:
* le tableau général associant résultat existant [ champs standards ] et requête
2) NvjflOntologieExpand()
Obtenir une URL vers le web-service multi-critère, l'appeler et
enregistrer les résultats à la place qui leur est destinée dans le
tableau temporaire "requête -> résultat"
L'index spécial créé en 1), du tableau des résultats généraux est mis
à jour automatiquement puisqu'il s'agit d'une référence.
3) NvjflOntologieCombine()
Nettoyer les éléments de résultats pour et copier les valeurs demandée dans
un index correctement nommé (dépendant du web-service, et plus directement de
la variable $champ_infos).
Un modèle similaire pourrait être reproduit pour d'autre partie de code effectuant
des requêtes sans que des modification majeures du concept soient nécessaire.
Cependant une manière plus générale d'aborder la résolution consisterait à effectuer
l'indexation à partir des URL déjà générées plutôt que sur les éléments de tableau de
résultats, cependant le faible nombre de web-service supportant le multi-critère et la
diversité des schémas d'URL ne plaident pas en faveur d'une généralisation trop précoce. |
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| 730 |
3979 d 12 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/nvjfl/ |
nom-vernaculaires: fix cosmétiques.
Clarification du code (index de tableau) et modification des boucles.
Le cas du traitement des ontologies est découplé de la boucle d'initialisation des
valeurs standard.
Par conséquent, ajouterChampsOntologieLigneResultat() n'est plus utilisée, mais
une fonction faisant le traitement de l'ensemble des résultats la remplace ce qui
pourra permettre, à terme, une vision intelligente du contexte dans le cadre duquel un
ensemble de valeurs ontologiques sont nécessaires à la complétion des résultats.
Un stub à été inséré à l'endroit où un traitement spécifique par ontologie pourra apparaître
permettant ainsi d'utiliser des requêtes multi-critères pour les seuls web-services le supportant
effectivement. |
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| 729 |
3979 d 13 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/nvjfl/ |
nom-vernaculaires: fix cosmétiques.
Suppression d'affectations inutiles (sur-affectations), de tests inutiles
et généralisation de ajouterChampsOntologieLigneResultat().
Considérant que les sous-appels multiples aux web-services sont nichés dans:
chercherSignificationCode()
Appellée, en boucle, par ajouterChampsOntologieLigneResultat()
Appellée, en boucle, par formaterNomsVernaculairesAttributions(),
Considérant que le cache de réponse par url ($this->signification_code),
ne peut offrir à lui-seul une amélioration sensible des performances,
L'objectif de faire usage d'un webservice supportant de multiples
critères d'ontologies par requête nécessite comme préalable de faire
remonter ces appels en amont du cycle afin de se donner
l'opportunité des les factoriser.
Ce commit représente un premier pas dans ce sens. |
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| 727 |
3982 d 14 h |
alex |
/trunk/services/ |
Nouveau module : moissonnage.
Ce module sert à générer des cartes de répartition de taxons de plantes à partir d'un fond de base SVG et de différentes sources de données
Methodes développées : génération de cartes, légende, ontologies |
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| 726 |
3985 d 19 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/cel/ |
cel/images: bugfix, dans certains cas une jointure retournait plusieurs
enregistrement de méta-données pour une image, dont le premier entièrement
NULL.
L'ajout d'une condition au WHERE permets désormais d'éviter ce problème.
URL d'exemple:
http://www.tela-botanica.org/eflore/consultation/popup.php?module=popup-illustrations&action=fiche&referentiel=bdtfx&id=41825
avant: Date d'observation : 1 janvier 1970
après: Date d'observation : 30 novembre 1890
Requête d'exemple:
SELECT SQL_CALC_FOUND_ROWS ci.id_image AS id_img, co.date_observation AS date, co.id_observation AS id_obs, \
ci.courriel_utilisateur AS utilisateur_courriel, nom_sel, nom_sel_nn, zone_geo, ce_zone_geo, lieudit, station, milieu \
FROM cel_images AS ci LEFT JOIN cel_obs_images AS coi ON (coi.id_image = ci.id_image) \
LEFT JOIN cel_obs AS co ON (coi.id_observation = co.id_observation) \
WHERE ci.id_image = 41825; # ajout: AND co.id_observation IS NOT NULL; |
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| 725 |
3987 d 19 h |
raphael |
/trunk/services/modules/0.1/baseflor/ |
svg: synchro trunk/eflore-test qui pose la question des valeurs à 0
pour ce qui concerne les données d'optimum écologique. |
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| 721 |
3989 d 15 h |
aurelien |
/trunk/services/ |
Ajout du web service noms vernaculaires des antilles |
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| 720 |
3989 d 20 h |
aurelien |
/trunk/services/modules/0.1/bdtxa/ |
Ajout d'un try catch sur la récupération des ontologies pour qu'un terme manquant ne fasse pas planter tout le web service |
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| 719 |
3993 d 20 h |
aurelien |
/trunk/services/modules/0.1/chorodep/cartes/ |
Correction du fonc blanc pour la carte |
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